bioRxiv预印平台于3月30日发表了印度马加德大学等发表的论文“Comparative Genomic Analysis of Rapidly Evolving SARS CoV-2 Viruses Reveal Mosaic Pattern of Phylogeographical Distribution”。文章指出，迫切需要针对新型SARS-CoV-2的通用疫苗的开发控制COVID19大流行，这种大流行似乎比以前的SARS和MERS暴发都要严重。但是，由于新型SARS-CoV-2显示出高传播速率，因此需要充分理解SARS-CoV2基因组中隐藏的潜在严重性。
该团队研究了来自全球不同地理区域的95个SARS-CoV-2菌株的完整基因组，以揭示新型SARS-CoV-2在全球的传播方式。该研究结果表明，邻国之间没有该病毒的直接传播模式，这表明疫情是受感染的人类前往不同国家的结果。该团队揭示了来自美国的10个病毒分离物中nsp13，nsp14，nsp15，nsp16（存在于ORF1b多蛋白区域）和S-蛋白质中的独特单核苷酸多态性（SNP）。这些病毒蛋白参与RNA复制和加工，表明在美国人群中传播的新型SARS-CoV-2株比在其他国家中传播的高度进化。此外，该团队发现了一个来自美国的分离株（MT188341）在nsp16的2540位和2570位之间携带移码突变，该突变体起着mRNA cap-1甲基转移酶（2'-O-MTase）的作用。因此认为新型SARS-CoV-2的复制机制正在迅速发展，以逃避宿主的挑战以及适应生存。文章指出，需要考虑这些突变，否则将难以制定有效的治疗策略。ORF1ab多蛋白（dN / dS = 0.996，0.575）和S蛋白（dN / dS = 0.88）的dN / dS值也接近1，可能赋予病毒选择优势。通过构建SARS-CoV-2-人类相互作用基因组，进一步揭示了多种宿主蛋白（PHB，PPP1CA，TGF-beta，JACK1，JACK2，SOCS3，STAT3，JAK1-2，SMAD3，BCL2，CAV1和SPECC1）由病毒蛋白（nsp2，PL-PRO，N蛋白，ORF7a，MS-ORF3a复合物，nsp7-nsp8-nsp9-RdRp复合物）操纵以介导宿主免疫机制。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
