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《2019年新型冠状病毒的基因组特征和流行病学特征:对病毒起源和受体结合的意义》

  • 来源专题：实验室生物安全
  • 编译者： 张虎
  • 发布时间：2020-04-07

  • 对来自中国武汉的9名患者的10个新型冠状病毒（2019-nCoV）基因组序列进行了新的遗传分析，发现这种病毒与两种蝙蝠来源的SARS-CoV（严重急性呼吸道综合征冠状病毒）样冠状病毒存在最为密切的亲缘关系。

  • 原文来源：https://www.thelancet.com/pdfs/journals/lancet/PIIS0140-6736(20)30251-8.pdf
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  • 《1月29日_《柳叶刀》：2019年新型冠状病毒基因组特征和流行病学：病毒起源和受体结合的意义》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：xuwenwhlib
    • 发布时间：2020-02-05
    • 1.时间：2020年1月29日 2.机构或团队：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、山东大学、湖北省疾病控制中心、深圳华大基因、中国科学院北京生命科学研究院、中国科学院微生物研究所、中国科学院流感研究与预警中心(CASCIRE)、中国科学院新发突发传染病研究与交流卓越中心、武汉解放军总医院、温州医科大学、悉尼大学、生物安全大科学中心 3.事件概要： 1月29日，《柳叶刀》上发表的一项研究显示，对来自中国武汉9名确诊患者的10个2019- nCoV基因组序列进行了新的遗传分析，发现该病毒与两种蝙蝠衍生的类SARS冠状病毒关系最为密切。2019-nCoV可能是最近才出现的，且以相对较快的检测速度被发现。虽然该病毒与SARS基因不同，应被认为是一种新的人类感染冠状病毒，但它可能利用与SARS相同的分子“门道”进入人类细胞。 论文中对9名住院确诊患者的支气管肺泡灌洗液样本和培养分离物进行了下一代测序，其中8名患者有去过武汉华南海鲜市场历史。从这些个体中获得了2019-nCoV的完整和部分基因组序列，随后用Sanger测序法连接病毒contigs获得全长基因组，cDNA末端快速扩增确定末端区域。对这些2019-nCoV基因组和其他冠状病毒基因组进行系统发育分析，以确定病毒的进化史，并帮助推断其可能的起源。通过同源性模型研究病毒可能的受体结合特性。 研究结果：来自9例患者的10个2019-nCoV基因组序列极为相似，序列同源性达99.98%以上。值得注意的是，2019-nCoV与2018年在中国舟山采集的两种蝙蝠源性严重急性呼吸综合征（SARS）样冠状病毒bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21更密切相关（88%的同一性），而与SARS冠状病毒（约79%）和MERS冠状病毒（约50%）的相似性更远。系统发育分析表明，2019-nCoV属于betacornavirus属的Sarbecovirus亚属，与最近的亲缘种bat-SL-CoVZC45和bat-SL-covzcx21的分枝长度相对较长，与SARS-CoV存在遗传差异。另外，尽管在一些关键残基上存在氨基酸变异，同源性模型显示2019-nCoV与SARS-CoV具有相似的受体结合区结构。 研究解释：2019-nCoV与SARS-CoV有足够的差异，被认为是一种新的人类感染乙型冠状病毒。虽然文中系统发育分析表明蝙蝠可能是这种病毒的原始宿主，但在武汉海鲜市场出售的某种动物可能是帮助病毒在人类中传染的中间宿主。重要的是，通过相关结构分析表明，2019-nCoV可能能够与人类血管紧张素转化酶2(ACE2)受体结合。这种病毒未来的进化、适应性和传播性仍需要紧急调查。
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  • 《韩国2019新型冠状病毒（2019-nCoV）早期病例的流行病学特征》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-02-12
    • Epidemiology and Health于2月9日出版了韩国国立癌症中心等发表的论文“Epidemiologic characteristics of early cases with 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) disease in Republic of Korea”，文章报道了韩国2019-nCoV的流行病学特征。 自2020年1月20日在韩国确认第一例2019新型冠状病毒（2019-nCoV）以来，目前韩国已确认24例2019-nCoV病例。这些病例中的大多数（58.3％；n = 14）是男性，年龄中位数为42岁（范围为21-62岁）。在确诊病例中，索引病例（index cases）为15例（63％），第一代患者为6例（24％），第二代患者为3例（12.5％）。所有第一代和第二代患者均为索引病例的家庭成员或熟人。所有的索引病例均于2020年1月19日至24日进入韩国。平均潜伏期为3.6天（中位数为4天），计算的繁殖数量R0为0.5。确诊病例中有两例无症状。截至2月8日，韩国已有22例2019-nCoV患者住院，2例出院。未来，随着新信息的披露，流行病学参数将得到修正。全球研究人员共享流行病学信息对于有效应对新的传染病至关重要。
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