《研究综述:2020年3月6日》

  • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2020-03-13
  • 欢迎来到2020年3月6日的研究综述,这是布罗德研究所(Broad Institute)的科学家和他们的合作者发表的最新研究的最新快照。

    鸟瞰IBD

    多种复杂的遗传和环境因素共同触发和维持炎症性肠病(IBD)。在《自然》杂志的一篇综述中,Daniel Graham和传染病和微生物组项目的核心研究所成员Ramnik Xavier讨论了IBD如何作为一个利用人类遗传学来了解调节和维持肠道免疫系统的分子和细胞网络的模型。他们还讨论了基于遗传学揭示的核心通路的疾病亚型分类的前景,并展望了IBD护理可能的未来方向。

    重建迁移到地中海岛屿的运动

    尽管最近在研究古代DNA方面取得了进展,但地中海岛屿的遗传历史仍然知之甚少。报告在自然生态与进化,一个国际研究小组共同的高级会员计划在医学和种群遗传学的大卫•赖希(MPG)和合作者是填补差距最大的研究到目前为止古代人群的遗传史的西西里,撒丁岛,和巴利阿里群岛,增加患者的数量从5到66年的数据报告。结果显示,从非洲、亚洲和欧洲移民的复杂模式在方向和时间上各不相同。请阅读维也纳大学发布的新闻稿。

    自闭症谱系障碍小鼠模型中与感觉超敏相关的间神经元

    感觉超敏反应是自闭症谱系障碍(ASD)的一个标志,而功能失调的gaba能间神经元在新皮质中已经被发现。斯坦利精神病学研究中心的成员冯国平和他的同事们在一个敲除Shank3B的ASD小鼠模型中发现了这些细胞和感觉异常之间的因果关系。研究人员发现,这些老鼠比野生老鼠对微弱的触觉刺激更敏感。敲除小鼠体内钙成像显示中间神经元活性降低,锥体神经元活性增加。当研究小组删除vS1抑制性中间神经元中的Shank3时,他们发现锥体神经元过度活跃,刺激敏感性增加。请阅读《自然神经科学》。

    检测肿瘤的范围

    肿瘤微环境(TME)中的免疫细胞可以影响某些癌症对治疗的反应,但尚不清楚遗传基因特征是否会影响免疫细胞对TME的浸润。由副会员伊莱·范·艾伦领导的团队;范艾伦实验室研究生小何;布朗大学的Sohini Ramachandran;Ramachandran实验室的Sahar Shahamatdar分析了来自癌症基因组图谱的700万个种系变异,发现了近24个基因、一个SNP和几个与实体肿瘤周围的免疫浸润相关的基因网络。在《细胞报告》中,这项工作是了解免疫检查点阻断疗法反应预测因子的重要一步。

    从基因上解读美国历史

    美国复杂的移民史、移民史和混合移民史极大地影响了美国各地的遗传多样性。为了弄清楚这个问题,布罗德MPG项目的艾丽西亚·马丁(Alicia Martin)和麻省理工学院(MIT)的同事们利用国家地理学会(National Geographic Society)基因地理项目的数据,研究了美国历史上遗传祖先和外源基因的地理模式,并了解了美国人的基因在多大程度上反映了历史上的人口统计学事件。他们在《美国人类遗传学杂志》(American Journal of Human Genetics)上发表文章称,他们在许多族群中发现了明显的遗传痕迹,这些痕迹反映了美国的移民历史,在某些群体中发现了微妙但可能重要的多样性水平。阅读更多的新闻故事。

    重新审视physician-scientist培训

    美国的医生-科学家合作项目已经扩展到近120所学校,其中超过三分之一是由美国国立卫生研究院资助的。要描述医生-科学家培训的成功,重要的是使用系统的、基于证据的调查,以及对科学史的深刻理解,以制定可操作的政策。在f1000的研究评论中,model, Inference & Algorithms Initiative的科学顾问Gopal Sarma和合作者使用“发现-发明周期”框架来分析整合的MD/PhD项目的结构和结果。研究人员强调,深入了解个人的职业轨迹,以及描述组织细节和文化差异的重要性,以推动形成未来医生和科学家劳动力的新政策。

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  • 《研究综述:2020年3月20日》

    • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2020-03-22
    • 欢迎来到2020年3月20日的研究综述,这是布罗德研究所(Broad Institute)的科学家及其合作者发表的最新研究的最新快照。 Broad加入了马萨诸塞州的COVID-19诊断测试项目 布罗德研究所正在与马萨诸塞州总医院、布里格姆妇女医院和其他地区医院的病理科密切合作,将布罗德的高通量基因组能力提供给联邦,以提高COVID-19诊断检测的能力。我们预计下周初就能开始运转。一旦投入使用,该研究所预计能够处理在医院和其他临床环境中收集的样本,并每天处理1000多个测试。了解更多关于远大的COVID-19工作的故事和视频,以及WBUR、WCVB和MassLive的报道。 全力治疗糖尿病 精确地将小分子传递到胰腺细胞的能力对于1型和2型糖尿病研究的许多途径都是有益的。Miseon Lee、Basudeb Maji、Debasish Manna、副成员Amit Choudhary以及化学生物学和治疗学科学项目和其他方面的同事利用beta细胞异常高浓度的锌来开发他们所谓的基于锌的前药物系统。这种方法让锌发挥作用,帮助运输和激活其他不活跃的小分子物质,特别是在细胞内。详情请参阅《美国化学学会杂志》。 引入ABE8e 在自然界中生物技术、米歇尔·里克特领导的研究小组,凯文·赵和核心研究所成员大卫·刘的叫法变革性技术研究所医疗描述了一种新的腺嘌呤基编辑器,可以更有效地修复基因的突变和更多的目标网站和它的前身相比,正确解锁获得更多与人类疾病相关的遗传变异。新编辑器名为ABE8e,它可以将A•T碱基对转换为G•C,其转换速度比原编辑器快得多,而且与不同的CRISPR蛋白质的兼容性范围也大得多,而这些蛋白质是访问整个基因组中的目标所必需的。您可以通过GenomeWeb上的广泛新闻报道了解更多信息。 分析Cas9变异特异性 Jonathan sch中段- burgk, Linyi Gao, David Li,核心研究所成员Feng Zhang和他们的同事已经开发出一种可以大规模检测双链断裂(dsb)的方法,例如CRISPR核酸酶产生的脱靶断裂。方法,tagmentation-based标签集成网站测序(进行),基于全基因组,公正的鉴定(双边带)的双链断裂通过测序(GUIDE-seq),该标签双边带诱导通过集成的双链核酸酶乳沟供体DNA,但团队的多路复用和散装tagmentation Tn5方法使用指南。该团队综合评估了Cas9变异,揭示了特异性和活性之间的权衡,并鉴定了具有高特异性的LZ3 Cas9变异。了解更多的分子细胞。
  • 《研究综述:2020年6月5日》

    • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2020-06-08
    • 欢迎收看2020年6月5日的《研究综述》,这是一篇由Broad研究所的科学家及其合作者发表的最新研究的回顾。 挽救小鼠遗传性耳聋 一些遗传性听力损失疾病是由于TMC1基因的隐性突变,导致毛细胞迅速退化和完全聋。在《科学转化医学》杂志上,核心研究所成员David Liu和Jeffrey Holt(波士顿儿童医院)领导的团队描述了他们如何使用碱基编辑来恢复tmc1相关聋鼠的部分听力——这是第一个在体内进行基因组编辑来修复隐性感觉缺失障碍的例子。经过治疗的小鼠的听力部分恢复,并对响亮的声音做出反应。请阅读哈佛大学和波士顿儿童医院的新闻稿,以及基因工程和生物技术新闻。 聚光灯下的精子 减数分裂通过亲本染色体间的DNA杂交产生基因组高度可变的精子,有时会发生错误,导致非整倍体(染色体过多或过少)。为了更好地理解交叉体和非整倍体,斯坦利精神研究中心的Avery Davis Bell、研究所成员Steven McCarroll和他的同事开发了一种新的测序技术,精子序列分析,并用它来研究31000多个精子细胞的减数分裂。他们注意到跨精子基因组和捐赠者的交叉事件位置、间隔和数量的模式,表明了一种共享的潜在调节机制,并确定了许多非整倍体和其他遗传异常。从哈佛医学院的故事中了解更多。 创伤后应激障碍的基因识别 了解哪些人可能易受创伤后应激障碍(PTSD)的影响,哪些人可能有抗创伤后应激障碍(PTSD)的能力,对于有效干预和治疗的发展至关重要。Nikolaos Daskalakis和Karestan Koenen都是斯坦利精神病学研究中心的助理成员,Chris Chatzinakos和他的合作者使用了一种称为转录归因的方法来揭示PTSD基因风险对组织特异性基因表达的影响。研究人员研究了来自70个特定家族的29539例创伤后应激障碍病例和166145例对照组,并确定了18个与特定组织基因对相关的显著关联。他们分别在欧洲和欧洲军事人群中发现了两种PTSD易感基因ZNF140和SNRNP35。在《细胞报告》中,作者认为SNRNP35,一种RNA剪接调节基因,是最有希望进行进一步功能研究的基因,研究其在PTSD的易损性和复原性方面的作用。 快递 癌症的免疫疗法并不是对所有病人都有效。麻省理工学院(MIT)的科林·巴斯(Colin Buss)和癌症项目的研究所成员桑吉塔·巴蒂亚(Sangeeta Bhatia)设计了一种模块化纳米颗粒系统,可能会有所帮助。他们的肽基纳米复合物携带寡核苷酸,在小鼠体内刺激免疫系统并增加检查点抑制剂的有效性。双重治疗阻止了肿瘤的生长,在某些情况下,还阻止了身体其他部位肿瘤的生长。将免疫刺激剂与检查点抑制剂结合在纳米颗粒中包装,其剂量可能比未封装的免疫刺激剂所需的剂量低得多。更多信息请阅读美国国家科学院院报和麻省理工学院新闻。 机会的主人 结核分枝杆菌(Mtb)感染可能表现为不同的方式,可能来自不同的环境和免疫压力。刘青云、魏建豪、李峰、高钱(复旦大学)领导的团队;李亚伟、吕雪梅(中国科学院);哈佛大学公共卫生学院传染病和微生物学项目的准成员Sarah Fortune对18名新诊断和初治患者的近800株结核杆菌进行了测序。在《科学进展》上发表的报告中,这组科学家描述了结核病发病时结核分枝杆菌种群的遗传多样性,并重建了结核分枝杆菌在宿主内的进化。这项研究表明,新的耐药突变的风险以寄主依赖的方式变化。 绘制人类心脏图 单细胞测序促进了我们对各种器官系统的理解,但在心脏研究中,一些基本问题仍然存在,比如人类心脏中细胞类型的数量。内森塔克在共济会医学研究所(现在),研究所成员帕特里克•Ellinor和他的同事们从Broad-Bayer精密心脏病学实验室使用single-nucleus RNA序列来生成最全面的高分辨率细胞健康的人类心脏的映射到日期,确定新的细胞类型,基因表达的模式在不同的部分器官,和细胞类型与常见的心血管疾病。这项研究发表在《循环》杂志上,它将帮助科学家破译心脏细胞在疾病中的行为,并最终识别出针对特定疾病的心脏细胞的新的治疗靶点。