《Nature | 非平衡自组装成核动力学中的模式识别》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-01-22
  • 2024年1月17日,芝加哥大学Arvind Murugan、Jackson O’Brien联合加州理工学院Erik Winfree、Constantine Glen Evans在Nature上发表题为Pattern recognition in the nucleation kinetics of non-equilibrium self-assembly的文章。

    该研究表明了多样性自组装中的模式识别现象,发现高维浓度模式可以类似于神经网络计算进行辨别和分类。研究者设计了一组917个DNA片段,能够以三种不同方式自组装,使竞争性的核化过程对高浓度片段的共定位程度产生敏感影响。通过在计算机中进行训练,系统能够正确分类一组18个灰度30×30像素图像,并通过实验证实了这一结果的鲁棒性。文章提到,这一现象可能不仅局限于自组装,还可能应用于细胞内的分子折叠过程和多组分凝聚物的相界限。将核化视为一种机器学习模型,文章探讨了决策表面复杂性与底层自组装物理特性之间的关系。

    此外,文中还提到了温度在模式识别速度、准确性和复杂性之间的权衡,并对将核化作为机器学习模型引发的问题进行了探讨。总体而言,这项工作揭示了在多组分自组装中产生复杂信息处理的新现象,为高维分子系统中的可编程和可学习相界限提供了启示。

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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
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    • 本文内容转载自“ CNS推送BioMed”微信公众号。原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/qT6raNDpEzYmosEDNUVEvw 2023年11月8日,哈佛大学的研究人员在Nature发表题为Single-molecule dynamics show a transient lipopolysaccharide transport bridge的文章。 革兰氏阴性菌被两层膜包围。外膜的一个特殊特征是它的不对称。它在外层小叶中含有脂多糖(LPS),在内层小叶中含有磷脂。脂多糖在外膜的适当组装是细胞生存所必需的,并提供革兰氏阴性菌对许多类抗生素的内在抗性。脂多糖的生物合成是在细胞膜内完成的,因此脂多糖必须被提取出来,穿过分隔两层膜的水质,并通过外膜转运,在细胞表面组装。脂多糖的运输和组装需要七个保守的和必需的脂多糖运输成分(LptA-G)。该系统已被提出形成一个连续的蛋白质桥,为LPS到达细胞表面提供路径,但该模型尚未在活细胞中得到验证。 该研究使用单分子跟踪表明Lpt蛋白动力学与桥模型一致。一半的内膜Lpt蛋白处于桥接状态,桥接持续5-10秒,表明它们的组织是高度动态的。LPS促进Lpt桥的形成,这表明LPS的产生可以直接与它的运输相关联。最后,桥的衰变动力学表明可能存在两种不同类型的桥,其稳定性根据LPS的存在(长寿命)或不存在(短寿命)而不同。总之,该研究的数据支持一个模型,在这个模型中,LPS既是基底,也是促进外膜组装的动态Lpt桥的结构成分。
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    • 编译者:李康音
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    • 2023年9月20日,美国西奈山伊坎医学院和佐治亚理工学院的研究团队在Nature发表了题为Cingulate dynamics track depression recovery with deep brain stimulation的论文。这项研究确定了评估DBS治疗难治性抑郁症患者治疗效果的大脑活动模式标志物,有助于客观地评估患者对DBS治疗的响应,并相应地进行调整,标志着将试验性疗法转化为临床实践的重大进步。 研究团队目前正在西奈山医疗系统中接受DBS治疗的第二批患者中继续验证他们的发现,他们未来的研究将继续探索DBS的抗抑郁作用,并通过下一代设备来研究情绪变化的神经学基础。 本文内容转载自“奇点神思”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/yXLQtCec5ryE5Ut_fTV_QQ