2月20日_中国科学院西双版纳热带植物园等基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化好和传播
1.时间：2020年2月20日
2.机构或团队：中国科学院西双版纳植物园、华南农业大学、北京脑科中心
3.事件概要：
据中国科学院西双版纳植物园官网2月20日消息，西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。
研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组，包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2，H8-H12，而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。因此研究人员认为华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。另外，根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
研究人员鉴别出广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源。其中，广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国，他们的患者感染源至少有两个，尤其是美国包括了五个来源。非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。其他国家患者因为样品比较少，大多数的来源比较单一，他们除了是武汉旅游输入或在武汉感染外，有一些人可能是在广东、新加坡等地被感染。研究人员认为现扩散的病例至少来自于3个途径。
根据新型冠状病毒基因组数据推算1月之前的种群扩张发生时间是12月8日，该结果暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬即已经开始有人际传播，随后在华南海鲜市场加快了人际传播。研究推算2月份之前的种群扩张时间在1月6日，这个可能与元旦假期有关联。
该研究已经于2月21日提交到中国科学院预印平台ChinaXiv[1]。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
4.附件：
报道链接：http://www.xtbg.ac.cn/xwzx/kydt/202002/t20200220_5502619.html
[1]论文链接：http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
