《细菌趋化系统响应不同氧气浓度的调控机制研究获得新进展》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2022-12-21
  • 中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室研究员高贝乐团队在空肠弯曲菌中发现了一个新型趋化蛋白CheO,该蛋白在微氧环境下能调节鞭毛马达的旋转,对空肠弯曲菌在小鼠肠道中的定殖过程有重要作用。相关研究成果以“Polar localization of CheO under hypoxia promotes Campylobacter jejuni chemotactic behavior within host”为题,在线发表于PLOS Pathogens(《公共科学图书馆:病原体》)。

    空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)是世界范围内引起食源性细菌性胃肠炎的最常见诱因,该病原菌在微氧环境下(氧气含量5%-10%)才能生长以适应肠道中的氧气限制,同时它也可以在氧浓度较高的环境中存活,以抵抗宿主的氧化攻击。与其它肠道病原菌相比,空肠弯曲菌具有严格的生长和营养需求,但缺乏许多因致病或与宿主相互作用而进化的毒力因子。空肠弯曲菌的趋化作用在宿主体内的定殖过程中发挥了重要作用,然而目前尚不清楚空肠弯曲菌的趋化系统如何感知和响应环境氧气变化。此外,空肠弯曲菌中也没有化学感受蛋白或其他感受蛋白被鉴定为氧浓度感受蛋白,其它趋化调控蛋白在氧浓度波动的环境下是否发挥不同的作用也尚未清楚。

    本研究团队前期通过筛选空肠弯曲菌C. jejuni 81-176突变子文库,发现了一个在弯曲菌门中特有的蛋白CJJ81176_1265。在C. jejuni 81-176中敲除CJJ81176_1265基因后,敲除株在小鼠体内的定殖能力显著弱于野生型,表明该基因的功能与空肠弯曲菌在小鼠肠道内的定殖有关。后续的突变株表型检测中发现该敲除株的趋化能力也显著弱于野生型, 随后对敲除株进行单细胞轨迹追踪,发现该基因的缺失影响了菌体游动过程中的翻转频率。荧光显微镜观察表明CheO的定位依赖于趋化蛋白阵列,但独立于反应调节蛋白CheY。蛋白相互作用实验证实CheO与趋化系统磷酸激酶CheA、磷酸酶CheZ和鞭毛马达蛋白FliM、FliY有相互作用。有趣的是,在微氧条件下,CheO定位在细胞极;而在正常氧浓度环境下,CheO蛋白在细菌体内呈现通体分布。而且,CheO的定位依赖于4个能量趋化相关的化学感受蛋白(Aer1, Aer2, Tlp6, Tlp9),因此CJJ81176_1265蛋白被命名为CheO(Chemotaxis protein responding to Oxygen)。缺少CheO的菌株在低氧环境下运动能力减弱,研究人员对ΔcheO突变株进行抑制子筛选,发现鞭毛马达蛋白FliM的点突变FliML99F能恢复其运动能力,即FliM的单个残基变异可以替代CheO蛋白缺失而导致的表型。这些结果表明CheO建立了一条从趋化蛋白阵列到鞭毛马达的信号旁路,这种条件型激活机制体现了细菌对不同氧浓度的适应性。此外,CheO同源蛋白只存在于弯曲菌门的部分物种中,其同源蛋白在空肠弯曲菌中的表型实验证实了CheO的同源蛋白均具有趋化调节功能。

    综上所述,CheO是C. jejuni响应环境氧浓度变化的趋化调控蛋白,促进了微氧环境下的菌体的趋化能力。该研究揭示了空肠弯曲菌对人和动物肠道适应的新策略,深入研究这个非核心趋化信号转导蛋白的作用机制可揭示C. jejuni不同于其它细菌的趋化信号传递模式。

    中国科学院南海海洋研究所2022届博士莫然为该论文的第一作者,高贝乐研究员为通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金、南方海洋科学与工程引进人才团队重点专项广东实验室(广州)、中国科学院战略性先导专项、中国科学院南海生态与环境工程创新研究院的资助。

    相关论文信息:https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1010953

  • 原文来源:http://www.scsio.cas.cn/news/kydt/202212/t20221213_6584272.html
相关报告
  • 《细菌趋化系统与鞭毛的共进化机制研究获新进展》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2022-12-13
    • 中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室研究员高贝乐团队在细菌趋化系统与鞭毛的共进化机制研究中取得新进展,相关成果近日以“The evolutionary path of chemosensory and flagellar macromolecular machines in Campylobacterota”为题,在线发表于PLOS Genetics(《公共科学图书馆:遗传学》)。 大分子复合体的进化是一个基本的生物学问题,关系到生命的起源,也指导着合成生物学的理性设计。在单细胞微生物的所有大分子机器中,趋化系统是可以通过电子显微镜直接观察到的高度组织化的超结构之一。几乎所有的运动细菌和古菌都利用趋化系统来指导菌体运动或调节其它生理过程如细胞分裂、生命周期和毒性等。该系统在不同物种中的组成和阵列结构方面表现出巨大的多样性和复杂性。目前已有大规模的比较基因组学研究根据趋化基因排布和趋化蛋白的组成,将细菌域的趋化系统分为19个F类别。趋化系统的重要信号输出端之一是另一个具有高度组织化的超分子结构——鞭毛马达,鞭毛马达的转动能驱动鞭毛丝甩动,从而改变菌体的运动模式。细菌鞭毛由几十种蛋白构成,不同物种的鞭毛组分同样具有高度多样性和复杂性。趋化系统和鞭毛的进化是重要的生物学问题,其多样性背后的进化机制目前仍不清晰。 本研究团队近期发表在mBio的研究结果表明,在弯曲菌门(Campylobacterota)“生态-进化”框架下,F3趋化类别垂直遗传自该门的祖先,而其它趋化类别如F7、F8和F9则是在谱系生态位扩张期间通过水平基因转移获得,随后在宿主相关谱系中丢失。弯曲菌门的两个重要病原菌幽门螺杆菌和空肠弯曲菌只含有一个F3趋化类别,已有大量研究证实这套趋化系统控制着鞭毛运动。因此,本研究团队通过追踪弯曲菌门趋化系统和鞭毛的进化过程,进一步探讨了这两个大分子蛋白复合体的多样性是如何进化的。研究结果表明,弯曲菌门中大量鞭毛基因的变化导致了趋化类别的替换或融合。其中,Nitratiruptor属通过水平基因转移从Aquificota门获得了F14趋化基因簇和一个完整的鞭毛基因簇,彻底丢失了弯曲菌门的F3趋化类别和鞭毛基因。Arcobacter属的趋化蛋白CheYZ和鞭毛基因均来自于弯曲菌门的祖先,CheYZ属于F3型趋化类别,水平基因转移获得的F7型趋化蛋白阵列招募了F3的CheYZ以控制来自于弯曲菌门祖先的鞭毛。 此外,多项研究发现空肠弯曲菌和幽门螺杆菌的马达中心杆附近具有多层复杂的周质盘状结构为负载更多的马达定子结构提供支撑,匹配上直径更宽的C环能够产生更大的力矩,便于这类病原菌在高粘性的肠道粘液和组织中定殖。之前的研究认为这类复杂的马达结构是通过简单结构逐步获得额外组分进化而来。然而,我们发现空肠弯曲菌和幽门螺杆菌的可产生高扭矩的复杂鞭毛马达结构很可能是从弯曲菌门的最后共同祖先进化而来的,而经历了显著的鞭毛基因变化的谱系则失去了这个复杂鞭毛马达结构的一些关键成分,从而衍生出比它们的祖先更简单的鞭毛马达结构。弯曲菌门的最后共同祖先已经具备了复杂的马达结构和严谨的层级调控。 综上所述,研究团队利用比较基因组学,功能基因组学的分析方法,细致解构了弯曲菌门中趋化类别和鞭毛结构的进化路径,为这两个大分子蛋白复合体的协同进化提供了详细的证据,并强调了鞭毛超分子结构的复杂度分析需要立足于细菌物种的系统发育框架,然后对其变化过程进行分析。 南海海洋研究所2022届博士莫然、2018级博士生朱思琦为共同第一作者,高贝乐研究员为该论文的通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金、南方海洋科学与工程引进人才团队重点专项广东实验室(广州)、中国科学院战略性先导专项、中国科学院南海生态与环境工程创新研究院的资助。 相关论文信息:https:// doi.org/10.1371/journal.pgen.1010316
  • 《中国科学院海洋研究所在脉红螺变态调控机制研究方面获新进展》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2022-01-28
    • 变态过程是海洋贝类从幼虫向成体转变的重要发育阶段。变态的成功与否直接决定着贝类的存活,对自然海区中贝类的种群数量变动、分布和资源补充有重要影响和生态学意义。中国科学院海洋研究所利用高通量测序和代谢组分析技术查明了脉红螺幼虫对其变态诱导物--牡蛎稚贝的响应特征,通过比较关键基因表达特征、微生物组成特征和代谢组响应特征,揭示了牡蛎稚贝对脉红螺幼虫变态的诱导机制。 研究结果显示,牡蛎稚贝诱导使脉红螺幼虫体内精氨酸和血清素等代谢水平及相关代谢通路受到显著影响,变态关键基因一氧化氮合成酶和5-羟色胺受体基因表达量显著变化;幼虫共生微生物组成、结构和功能变化显著,原有的优势菌被替换;幼虫体内动物性消化酶羧肽酶基因表达量显著升高,而植食性消化酶纤维素酶基因表达量显著降低。上述结果表明,同时作为脉红螺幼虫食物来源和变态诱导物的牡蛎稚贝通过调控幼虫神经内分泌系统,与幼虫体内共生微生物相互作用,促进脉红螺幼虫消化系统发育和消化酶的变化,诱导幼虫发生食性转换,进而完成变态过程。 相关研究成果“Symbiotic microbiome and metabolism profiles reveal the effects of induction by oysters on the metamorphosis of the carnivorous gastropod Rapana venosa”发表于《Computational and Structural Biotechnology Journal》(IF 7.271)上。博士后杨美洁为文章第一作者,张涛研究员为文章通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金项目、国家重点研发计划项目和国家现代农业产业技术体系(贝类体系)等联合资助。 杨美洁博士一直专注于贝类变态研究,从消化系统和神经内分泌系统揭示了脉红螺食性转换特征,初步提出了脉红螺食性转换与变态的调控机理模型,为阐明脉红螺自然种群变动规律和资源恢复机制提供了理论基础。以第一作者发表SCI论文8篇(JCR一区5篇),参与出版专著1部,授权专利2项,研究生期间获得博士研究生国家奖学金和中国科学院院长优秀奖等奖项和荣誉称号15项。 论文信息: Mei-Jie Yang, Hao Song, Jie Feng, Zheng-Lin Yu, Pu Shi, Jian Liang, Zhi Hu, Cong Zhou, Xiao-Lin Wang, Tao Zhang*, 2022. Symbiotic microbiome and metabolism profiles reveal the effects of induction by oysters on the metamorphosis of the carnivorous gastropod Rapana venosa. Computational and Structural Biotechnology Journal, 20: 1-14. DOI: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.11.041. 论文连接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037021005067