《Cell子刊详解:冠状病毒是模仿人类蛋白的高手》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-11-12
  • 在一项新的研究中,来自美国哥伦比亚大学医学中心的研究人员发现冠状病毒善于模仿与COVID-19严重疾病有关的人类免疫蛋白。相关研究结果近期发表在Cell Systems期刊上,论文标题为“A Sweep of Earth’s Virome Reveals Host-Guided Viral Protein Structural Mimicry and Points to Determinants of Human Disease”。

    许多植物和动物使用模仿的艺术来欺骗它们的猎物或捕食者。病毒也采用了类似的策略:病毒蛋白可以模仿宿主蛋白的三维形状来欺骗宿主,从而帮助病毒完成其生命周期。

    论文通讯作者、哥伦比亚大学瓦格洛斯内外科医生学院系统生物学助理教授Sagi Shapira博士说,“病毒使用模仿的原因与植物和动物一样---欺骗。我们推测,识别病毒蛋白的外观相似物将为我们提供有关包括SARS-CoV-2在内的病毒如何导致疾病的线索。”

    冠状病毒是模仿高手

    在这项新的研究中,Shapira利用超级计算机,用类似于三维面部识别软件的程序搜索病毒模仿物。他们扫描了地球生态系统中的7000多种病毒和4000多种宿主,发现了600万个病毒模仿的实例。

    Shapira说,“模仿是病毒中一种比我们想象中更普遍的策略。它被所有类型的病毒使用,无论病毒基因组的大小,病毒如何复制,或者病毒是否感染细菌,植物,昆虫或人类。”

    但有些类型的病毒比其他类型的病毒更多地使用了模仿。乳头瘤病毒和逆转录病毒并没有那么多地使用模仿。另一方面,冠状病毒特别擅长模仿,被发现可以模仿150多种蛋白,其中包括许多控制血液凝固或激活补体的蛋白---这是一组免疫蛋白,有助于靶向病原体使之随后遭受破坏,并增加体内的炎症。

    Shapira说,“我们认为,通过模仿身体的免疫补体蛋白和凝血蛋白,冠状病毒可能会促使这些系统进入过度活跃的状态,并导致我们在感染患者中看到的病理学症状。”

    人类研究支持病毒模仿在COVID-19中的作用

    在COVID-19疫情流行的过程中,许多COVID-19患者显然存在凝血问题,目前一些患者已经接受了抗凝血剂和限制补体激活的药物治疗。

    在近期发表在Nature Medicine期刊上的另一篇论文中,来自哥伦比亚大学的研究人员已发现有证据表明,免疫补体蛋白和凝血蛋白的功能性和遗传性失调与严重的COVID-19疾病有关。他们发现,患有黄斑变性(与补体激活增强有关)的人更有可能死于COVID-19:补体和凝血基因在COVID-19患者中更活跃,补体和凝血基因存在某些突变的人更有可能因COVID-19住院。

    自从这篇发表在Nature Medicine期刊上的论文今年春天首次出现在预印本服务器上之后,其他研究人员也已发现补体和COVID-19严重程度之间的联系,而且一些关于补体抑制剂的临床试验已经开始。

    Shapira说,对病毒蛋白功能和模仿的调查表明,了解潜在的病毒生物学特性可能是洞察病毒如何导致疾病以及谁可能面临最大风险的方法之一。

    Shapira说,“病毒已经知道如何利用它们的宿主。通过研究病毒,我们不仅可以揭示生物学的基本原理,而且还可以揭示它们如何扰乱细胞稳态并导致病理。希望有一天,我们也许能够利用这些知识进行反击。除了COVID-19之外,针对地球上的所有病毒,我们正在收集的关于单个病毒蛋白如何发挥作用的信息可能有朝一日会被用作进行医疗和农业干预的基石。”

  • 原文来源:https://www.cuimc.columbia.edu/news/coronaviruses-are-masters-mimicry-new-study-finds;https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S240547122030363X;https://www.cuimc.columbia.edu/news/ancient-part-immune-system-may-underpin-severe-covid;https://www.nature.com/articles/s41591-020-1021-2;https://news.bioon.com/article/6780756.html
相关报告
  • 《Cell子刊详解:冠状病毒是模仿人类蛋白的高手》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-11-12
    • 在一项新的研究中,来自美国哥伦比亚大学医学中心的研究人员发现冠状病毒善于模仿与COVID-19严重疾病有关的人类免疫蛋白。相关研究结果近期发表在Cell Systems期刊上,论文标题为“A Sweep of Earth’s Virome Reveals Host-Guided Viral Protein Structural Mimicry and Points to Determinants of Human Disease”。 许多植物和动物使用模仿的艺术来欺骗它们的猎物或捕食者。病毒也采用了类似的策略:病毒蛋白可以模仿宿主蛋白的三维形状来欺骗宿主,从而帮助病毒完成其生命周期。 论文通讯作者、哥伦比亚大学瓦格洛斯内外科医生学院系统生物学助理教授Sagi Shapira博士说,“病毒使用模仿的原因与植物和动物一样---欺骗。我们推测,识别病毒蛋白的外观相似物将为我们提供有关包括SARS-CoV-2在内的病毒如何导致疾病的线索。” 冠状病毒是模仿高手 在这项新的研究中,Shapira利用超级计算机,用类似于三维面部识别软件的程序搜索病毒模仿物。他们扫描了地球生态系统中的7000多种病毒和4000多种宿主,发现了600万个病毒模仿的实例。 Shapira说,“模仿是病毒中一种比我们想象中更普遍的策略。它被所有类型的病毒使用,无论病毒基因组的大小,病毒如何复制,或者病毒是否感染细菌,植物,昆虫或人类。” 但有些类型的病毒比其他类型的病毒更多地使用了模仿。乳头瘤病毒和逆转录病毒并没有那么多地使用模仿。另一方面,冠状病毒特别擅长模仿,被发现可以模仿150多种蛋白,其中包括许多控制血液凝固或激活补体的蛋白---这是一组免疫蛋白,有助于靶向病原体使之随后遭受破坏,并增加体内的炎症。 Shapira说,“我们认为,通过模仿身体的免疫补体蛋白和凝血蛋白,冠状病毒可能会促使这些系统进入过度活跃的状态,并导致我们在感染患者中看到的病理学症状。” 人类研究支持病毒模仿在COVID-19中的作用 在COVID-19疫情流行的过程中,许多COVID-19患者显然存在凝血问题,目前一些患者已经接受了抗凝血剂和限制补体激活的药物治疗。 在近期发表在Nature Medicine期刊上的另一篇论文中,来自哥伦比亚大学的研究人员已发现有证据表明,免疫补体蛋白和凝血蛋白的功能性和遗传性失调与严重的COVID-19疾病有关。他们发现,患有黄斑变性(与补体激活增强有关)的人更有可能死于COVID-19:补体和凝血基因在COVID-19患者中更活跃,补体和凝血基因存在某些突变的人更有可能因COVID-19住院。 自从这篇发表在Nature Medicine期刊上的论文今年春天首次出现在预印本服务器上之后,其他研究人员也已发现补体和COVID-19严重程度之间的联系,而且一些关于补体抑制剂的临床试验已经开始。 Shapira说,对病毒蛋白功能和模仿的调查表明,了解潜在的病毒生物学特性可能是洞察病毒如何导致疾病以及谁可能面临最大风险的方法之一。 Shapira说,“病毒已经知道如何利用它们的宿主。通过研究病毒,我们不仅可以揭示生物学的基本原理,而且还可以揭示它们如何扰乱细胞稳态并导致病理。希望有一天,我们也许能够利用这些知识进行反击。除了COVID-19之外,针对地球上的所有病毒,我们正在收集的关于单个病毒蛋白如何发挥作用的信息可能有朝一日会被用作进行医疗和农业干预的基石。”
  • 《Viruses:犬冠状病毒通过刺突蛋白转变外溢到人类中》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-05-09
    • 在一项新的研究中,来自美国康奈尔大学和天普大学的研究人员发现了犬冠状病毒(canine coronavirus)CCoV-HuPn-2018中发生的一种转变,这可能为它如何从动物外溢到人类提供线索。相关研究结果于2022年4月21日发表在Viruses期刊上,论文标题为“Recent Zoonotic Spillover and Tropism Shift of a Canine Coronavirus Is Associated with Relaxed Selection and Putative Loss of Function in NTD Subdomain of Spike Protein”。 一种新的犬科冠状病毒首先在2017~2018年患肺炎的两名马来西亚人类患者身上被发现。科学家们之前已分离了这种犬冠状病毒,对它进行了测序,并在2021年发表了他们的发现。 在这项新的研究中,这些作者确定了发生在这种犬冠状病毒刺突蛋白最靠近N末端的结构域0-domain中的转变模式,而刺突蛋白是该病毒促进进入宿主细胞的区域。这种转变模式显示这种病毒从同时感染动物宿主的肠道和呼吸道系统转变为只感染人类宿主的呼吸道系统。 关于独特变化和阳性选择(positive selection)的另一个值得注意的区域是CCoV-HuPn-2018信号肽。许多病毒利用宿主细胞的N-连接糖基化过程来修饰表面蛋白,包括一些冠状病毒的刺突蛋白,这可以影响抗原性和对宿主细胞的入侵。近期关于HIV的研究工作已发现,信号肽可以影响HIV表面蛋白gp120的聚糖谱(glycan profile)和抗原性,这促使人们提出,尽管信号肽不是成熟蛋白的一部分,但它可能受到免疫压力。信号肽中的阳性选择已在其他病毒中被报道,如巨细胞病毒,在这种病毒中,所选择的变异影响信号肽移除和病毒糖蛋白胞内运输的时间。这些作者提出,CCOV-HuPn-2018的信号肽中的阳性选择可能反映了在这种新宿主中的适应性作用。 这些研究结果和先前的研究使得这些作者猜测CCOV-HuPn-2018有一个肠道来源(基于它与狗、猫和猪的Alphacoronavirus 1的相似性),但已经失去了这种特殊的组织嗜性,可能部分是由于这种犬冠状病毒刺突蛋白最靠近N末端的结构域0-domain中的唾液酸结合区发生突变和/或重组,导致功能限制出现松动,最终反映在他们的分析中确定的选择压力放松。另外,这种犬冠状病毒可能感染了不同的宿主,如人类,就感染人类而言,0-domain不再发挥同样的作用,并且/或者根本无法与新宿主的碳水化合物相互作用,再次导致了选择压力的放松。与其他失去0-domain并产生另一种组织嗜性的Alphacoronavirus 1系相似(比如猪呼吸道冠状病毒),这些作者可能正在见证CCOV-HuPn-2018的这种转变过程。 论文通讯作者、康奈尔大学公共与生态系统健康教授Michael Stanhope博士说,“这项研究确定了从犬冠状病毒到新的人类宿主转变的一些分子机制,这可能对我们以前不知道的一种新的人类冠状病毒的流通也很重要。” 在这项研究中,这些作者使用最先进的分子进化工具来评估来自自然选择的压力可能如何影响这种犬冠状病毒的进化。 2021年,在马来西亚发现的这种犬冠状病毒变体也在海地的一些人身上发现,这些人也患有呼吸道疾病。 根据表现出时间信号的刺突蛋白编码基因的单个部分,CCOV-HuPn-2018的起源时间约为1957年,以及在海地同时出现的相同(或非常相似)的病毒在它的基因组的3′端含有额外的重组部分,表明这种病毒可能已经在人类、狗、猫或中间的不明宿主中循环了几十年而未被发现。针对此,Stanhope认为,需要进行更多的研究。 参考资料: 1. Jordan D. Zehr et al. Recent Zoonotic Spillover and Tropism Shift of a Canine Coronavirus Is Associated with Relaxed Selection and Putative Loss of Function in NTD Subdomain of Spike Protein. Viruses, 2022, doi:10.3390/v14050853. 2. Dog coronavirus jumps to humans, with a protein shift https://news.cornell.edu/stories/2022/05/dog-coronavirus-jumps-humans-protein-shift