人类中最常见的人畜共患病是弯曲菌病和沙门氏菌病。在2014~2018年期间，确认这两种疾病的人类确诊病例在欧盟的趋势是稳定的。 2018年，由肠炎沙门氏菌引起的人类沙门氏菌病病例所占比例与2017年处于同一水平。在报告的27例MS中，有16例达到了所有减少家禽沙门氏菌的目标，而有11例未达到至少一个。在繁殖母鸡、产蛋鸡、肉鸡和育肥火鸡中，欧盟对目标沙门氏菌血清型的流行率近年来有所下降，但在繁殖火鸡中却停滞不前。与食品业经营者相比，主管当局通过国家控制计划对猪尸体和家禽进行沙门氏菌检测的结果更为阳性。人中产生志贺毒素的大肠杆菌（STEC）感染是欧盟报告的第三大人畜共患病，从2014年至2018年有所增加。耶尔森氏菌病是2018年人类报告的第四大人畜共患病，2014~2018年呈稳定趋势。尽管李斯特菌很少超过即食食品中测试的欧盟食品安全限值，但报告的确诊李斯特菌病病例数在2018年进一步增加。总共报告了5146起食物和水传播的爆发。沙门氏菌是肠炎沙门氏菌最常见的病原体，导致五分之一的爆发。鸡蛋和蛋制品中的沙门氏菌是风险最高的药剂或食物对。据报道，2018年人类西尼罗河病毒感染大量增加。该报告进一步更新了牛结核病、布鲁氏菌、旋毛虫、棘球绦虫、弓形虫、狂犬、伯氏柯氏杆菌（Q发热）和图雷氏血症。
