《月鱼基因组阐述水生生物恒温性》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2021-12-06
  • 恒温是一种能够产生和保存代谢热量,维持高于周围环境的体温的能力。恒温常见于哺乳动物和鸟类。由于水的高导热性,鱼类在保持体温方面面临着巨大的挑战,只有不到0.1% 的鱼类能够保存体内产生的热量。恒温性鱼类具有强的游泳效率,高耐寒性,垂直迁移的良好视力,以及在捕食者-猎物互动和生态位扩张方面的竞争优势。金枪鱼,剑鱼等被称为局部恒温物种,最近人们发现月鱼,具有全身恒温,这被认为是鱼类中独一无二的。然而,其潜在的分子机制仍不清楚。月鱼为研究水生动物全身恒温动物的进化机制提供了极好的机会。

    全球分布的月鱼最初被描述为Lampris guttatus (Brünnich, 1788),后来根据地理分布和形态学分为小眼太平洋月鱼(Lampris incognitus)、南部斑点月鱼(Lampris australensis)、大眼太平洋月鱼(Lampris meggalopsis)、北大西洋月鱼(Lampris guttatus)和东大西洋月鱼(Lampris lauta)。近日,中国科学院深海科学与工程所何舜平研究团队在期刊Zoological Research接收题目为“Opah (Lampris megalopsis) genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy”的研究。该研究的月鱼是由中国金枪鱼延绳钓船“平太荣65号”在南印度洋海域采集,并于2018年9月12日由“平太荣冷2号”运往中国舟山进行解剖和肌肉提取。细胞色素c氧化酶I (CoI)和细胞色素b (Cytb)基因建树,鉴定该样品为大眼太平洋月鱼 (L. megalopsis)。我们组装了大眼太平洋月鱼的基因组(1 091 Mb),由12081个contigs组成,其中contig N50为590 kb, N90为30 kb。在月鱼基因组中共注释了23755个基因。

    他们利用月鱼基因组与其他非恒温鱼类进行比较基因组学分析,单拷贝直系同源基因进行正选择和快速进化分析,多拷贝基因家族进行扩张和收缩分析,候选基因进行GO和KEGG注释富集,发掘与月鱼产热和保温相关的候选基因。基于之前形态学的研究,他们已经知道月鱼的产热方式之一是深红色肌肉的代谢产热,慢肌的含量是目前已报道鱼类中最高的,所以他们在慢肌的发育和分化相关的基因中发现了3个正选择基因和1个快速进化基因,其中Gli1和Dcn均被报道降低表达慢肌含量减少,反之亦然;在肌肉的收缩和舒张过程中,钙离子的扮演着非常重要的角色,钙离子能够调控收缩蛋白的活性,KEGG 钙离子的信号通路中他们发现了3个正选择基因还有3和基因家族扩张;肌纤维的组装中,有6个正选择基因参与肌纤维的正确组装和肌纤维的基本组成。月鱼高的颅温来自于另一个产热方式,眼睛上直肌的肌肉有高的柠檬酸活性,之前也有人报道是由肌磷脂蛋白(Sln)介导的非颤抖性产热,肌肉中缺少肌纤维,有更高含量的Serca和Ryr1,当肌磷脂蛋白与Serca结合时导致钙离子“打滑”,从而导致更高的ATP消耗产热;月鱼中Serca基因快速进化,Ryr1基因受到正选择。任何机器的运转都离不开能量的供应,月鱼全身性的恒温预示着比其他鱼类消耗更大的能量;我们在能量供应方面发现,1个正选择基因Pgm2涉及到糖异生,还有1个正选择基因Dlat涉及到三羧酸循环,另外他们发现在乳酸脱氢酶A(Ldha)中有两个正选择位点,经过基因合成,原核表达,扩大化培养,纯化蛋白后检测酶活性显示,月鱼的乳酸脱氢酶A活性高于三刺鱼,月鱼正选择位点突变后酶活性显著性降低,说明月鱼的乳酸脱氢酶酶A活性高于三刺鱼,且正选择位点扮演了重要的角色;保温方面,由于水的高比热容,鱼类恒温的一个重大挑战是鳃中的热量散失,月鱼鳃弓的解剖显示存在逆热流交换的血管网,在眼睛的上直肌中同样存在;在血管的发育过程中2015年Kidoya报道老鼠皮肤中动静脉血管并列的现象是由动脉血管产生Apelin,静脉血管特异性表达Apelin 受体,Apelin诱导静脉血管内皮趋化性,动静脉血管之间细胞外基质重构支持静脉移位,最终使动脉血管和静脉血管平行;其中Ang1能够诱导Apelin表达,Ang-1 在月鱼中扩张;或许在某种程度上增加了月鱼中丰富的逆热流交换血管网的形成;保温的另一个策略是厚的脂肪组织,在深红色慢肌、鳃弓中逆热流交换血管网和眼睛上直肌都外被厚的脂肪组织隔绝海水,所以他们又将目光放在了脂肪相关的通路中,在脂肪酸代谢通路中Aact受到正选择,Insig1和Ebf2快速进化;脂肪不仅有物理的隔离作用,同时脂肪因子也会影响内部的血管功能通过AMPK信号通路,我们在AMPK信号通路中发现有2个快速进化基因Adipor和Insig1;

    在该研究中,科学家们首次发布了大眼太平洋月鱼的基因组,并与非恒温鱼类进行了比较基因组分析,揭示了恒温鱼类的遗传基础。通过对正选择、快速进化和基因家族扩张分析,他们发现了可能与产热和保温有关的候选基因丰富了鱼类中恒温的研究,为清晰水生生物恒温性奠定基础。

    中国科学院深海科学与工程研究所何舜平与水生所杨连东为该研究的通讯作者,薄晶为论文第一作者。

      https://www.zoores.ac.cn/en/article/doi/10.24272/j.issn.2095-8137.2021.183

  • 原文来源:http://www.idsse.cas.cn/yjjz2015/2021/202111/t20211129_6273547.html
相关报告
  • 《Nature子刊综述深度解读!如何利用微生物组的基因组特性来预测癌症的发生及进展?》

    • 来源专题:中国科学院病毒学领域知识资源中心
    • 编译者:malili
    • 发布时间:2020-06-01
    • 2020年5月28日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature Cancer上题为“Microbiome genomics for cancer prediction”的综述文章中,来自魏茨曼科学研究所等机构的科学家们论述了如何利用微生物组的基因组学特征来进行癌症预测。 尽管癌症基因组学能作为一种强大的工具帮助理解癌症发病机制并帮助开发新型诊断工具,但目前研究人员却很少研究维生素组在癌症诊断和临床疗法评估中扮演的关键角色,这项研究中,研究者Elinav等人就论述了通过研究癌症的宏基因组如何能够促进不同肿瘤类型的识别、诊断和分级。 研究人员对小鼠和人类进行的大量研究表明,微生物组的改变或与癌症的发生、发展和对疗法的反应直接相关,而宿主微生物组与癌症病理学之间的一种可能性的链接就是微生物所产生的代谢产物,这些潜在的生物活性分子可以在肿瘤局部或远端产生,其能够系统性地涌入宿主体内并影响肿瘤相关的过程;微生物代谢产物的特性及其效应子功能可能也会在拥有不同微生物组或暴露于不同饮食、药物或其它环境因素的个体之间产生差异,在癌症或其疗法反应的背景下,这些微生物组衍生的分子的组合或许是有益的,也可能是有害的;同时通过分析患者机体的宏基因组特征,还能提供一种病人特殊的化学特征,并与微生物生态系统组成的分析相结合,这或许就为患者个性化的干预提供了一种新的视角。 尽管对癌症发生分子基础的全面描述主要集中在人类基因组的改变上,但最近的研究报告却发现了特殊癌症类型和特定微生物组蓝图之间的关联;然而,研究人员并不是非常清楚这种关联之间的程度,以及其对癌症诊断、预后和治疗所产生的影响;基于对细菌和病毒与特性类型癌症之间关联的了解,研究者就开始对TCGA计划中超过1万名癌症患者中涉及33种癌症类型的1.8万多份肿瘤样本进行全基因组和RNA测序数据进行分析,经过严格的筛选和分类,研究人员利用这些样本中的微生物DNA序列开发了一种新型算法,其能够有效区分15种不同的癌症组织和正常组织,并对癌症类型进行分类,同时研究者还能利用基于组织的微生物模型来区分I期和IV期癌症,这些在结肠癌、胃癌和肾脏癌症中都表现良好,而在其它类型的癌症中就表现地有限。深入分析来自结肠癌等癌症患者机体的样本就能帮助建立不同类型癌症与微生物遗传特性之间的关联,即结肠癌中存在的梭菌属、宫颈癌中存在的Alphapapillomavirus genus等。 随后研究者进一步研究利用来自TCGA血液样本的测序数据来检测微生物DNA(mbDNA)的特征并且检测是否这种新型算法能够预测不同类型癌症的存在;值得注意的是,将这种经过TCGA训练的机器学习分类技术应用于血液样本衍生的mbDNA特征上,并与不同类型癌症的存在相关联。随后研究人员将他们的研究结果与现有的ctDNA试验进行了比较,结果发现,mbDNA能有效区分Ia和IIc期的癌症及并未检测到基因组改变的肿瘤,从而就能为传统ctDNA方法提供新的工具。最后,利用从独立临床队列参与者机体的血浆样本中提取的无细胞DNA的宏基因组测序方法,研究者发现,这种方法能够区分健康个体和癌症患者,同时还能区分前列腺癌和肺癌患者等;总之,通过对肿瘤和循环mbDNA特征进行深入研究,研究人员就能提供一种创新性的方法,将癌症患者从健康个体中筛选出来,并且能区分特殊的癌症类型,在某些情况下还能识别早期和晚期癌症患者。 这项研究补充了过去一些强调微生物组在癌症中重要性的报告,来自人类微生物组研究计划的数据显示,人类机体微生物的特征会表现出时间和空间上的变化。尽管饮食、环境、宿主机体遗传因素和早期微生物的暴露都是造成这种异质性的原因,但这种多样性在很大程度上依然无法解释,最近有研究表明,不同原发性癌症(其中许多发生在胃肠道)中存在的细菌会影响癌症患者的预后表现。相关研究发现或许并不局限于原发性肿瘤,有意思的是,相同的细菌也可以在同一患者的转移性肿瘤中发现,这就表明,原发性肿瘤和转移性肿瘤之间或会表现出微生物组的稳定性。尽管目前研究人员对癌症中微生物组所扮演的生物学功能的了解仍然有限,但我们都知道,微生物组会影响患者的疗法预后以及其对常规化疗和免疫疗法的反应。 癌症诊断的金标准技术依赖于活组织检查,随后由病理学家对活组织进行显微镜检查,对患者的癌症进行遗传学分析通常会寻找遗传改变,从而就能帮助指导有关靶向疗法方案的决策;液体活检是一种新型方法,其能对循环肿瘤细胞进行分析研究,但其主要是用于监测在肿瘤治疗或手术后辅助治疗中已经确诊的癌症患者;研究者Galon等人开发的免疫评分技术就能通过测定肿瘤位点的宿主免疫反应来确定早期结肠癌患者的疾病复发风险。 为了理解利用微生物DNA对癌症患者效益的潜在临床意义,研究者就需要将研究结果置于当前癌症诊断和临床随访方法的背景下进行;从这个角度来讲,研究人员发现了一些非常有趣的结果,首先,他们能够识别出早期癌症患者,并未对基因组变异进行监测,而基于ctDNA的分析就能够得出证据;其次,在某些情况下,研究者能够正确地将癌症患者分类到特定的阶段,这优于其它液体活检方法,相关研究发现就表明,mbDNA监测方法能帮助识别早期(仍可治愈)癌症患者,并能作为一种快速的癌症筛查工具。 尽管这些发现具有非常明显的临床意义,但科学家们仍然有一些问题需要解决,比如,是否能利用微生物组的特征来预测癌症的发生及进展;未来的研究也需要提供明确的证据来证实这种潜在强大工具的有效性,另一个有趣的问题就是,这些微生物组的特征是否真的能够改变患者的治疗情况,在这种情况下,其就能作为一种指示患者预后和监测的生物标志物。很显然,这种方法还需要进一步测试和验证,因此后期研究者可能还需要一段时间,直到相关的测试通过了监管部门的评估和临床实践的应用,后期研究者还将继续在更大的人群队列和不同类型的癌症患者中进行后续研究。(生物谷Bioon.com) 参考资料: Adlung, L., Elinav, E., Greten, T.F. et al. Microbiome genomics for cancer prediction. Nat Cancer 1, 379–381 (2020).doi:10.1038/s43018-020-0059-x 原文链接:http://news.bioon.com/article/6756374.html
  • 《游速最快的真骨鱼类基因组解析揭开鱼类恒温起源之谜》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2021-02-23
    • 在脊椎动物的进化过程中,温度对生命体的生理活动具有重要的调节作用。陆地上的鸟类和哺乳类之所以能够成功的适应各种生境,其恒温能力功不可没。相比与陆生环境而言,水生环境的生物想要获得恒温能力更为艰难,它们必须面对水体高比热,热量易丢失的挑战。然而根据观测,至少有40种鱼类克服了这些困难,具备类似于哺乳动物和鸟类的恒温能力。其中剑鱼、旗鱼和金枪鱼是恒温真骨鱼类中最具有代表性的两支。这些鱼类是如何克服重重困难,并最终进化出超凡的恒温能力,其遗传基础一直是未解之谜。 2021年2月3日,中国科学院深海科学与工程研究所与西北工业大学的联合团队在进化生物学国际著名期刊 《Molecular Biology and Evolution》上发表论文“The genomes of two billfishes provide insights into the evolution of endothermy in teleosts”公布了高质量的剑鱼、旗鱼基因组,解析了它们的恒温机制。 鱼类恒温是一种较为罕见的现象,在现有的大约4万种鱼类中,大约有40种鱼类具有恒温能力。他们通过不断的游泳,产生热量,维持恒温,最后进化成为鱼类中繁荣昌盛的类群。独立起源的剑鱼-旗鱼和金枪鱼是这些鱼类中最具有代表性的两支。这种表型上的趋同是否存在类似的分子的机制?研究人员发现,剑鱼-旗鱼和金枪鱼中存在着4个具有显著趋同信号的基因(pkmb,ryr1a,atp2a1和rh1),其中pkmb,ryr1a和atp2a1同在红色肌肉产热相关的无效钙离子循环通路中,使得分解ATP释放出的能量不用于钙离子的跨膜循环,而用于热量的产生。特别是pkmb编码的丙酮酸激酶是糖酵解过程中最后一步的限速酶,在剑鱼-旗鱼和金枪鱼中存在着两个趋同位点,实验证明该位点的突变确实改变了糖酵解过程中ATP的产生效率。这些趋同基因的改变可能是真骨鱼类热量产生的分子基础。 为了应对水体快速散热的特点,水生恒温动物通常具有一个独特的逆流交换器,用于温度的保存和传递。剑鱼和旗鱼中存在着由动脉和静脉血管平行排列,血流方向完全相反的血管网络系统。在对剑鱼和旗鱼的同源基因分析中,发现存在着9个显著受到了正选择的基因,其中有三个基因 (dapk3, prkcda和rfx4) 的存在较大的氨基酸改变。其中dapk3是脊椎动物动物平滑肌收缩调控的重要因子,该基因可能参与了血管网络的形成;prkcda是调控血管张力的重要基因,该基因可能促进了逆流交换器更好的实现热量的保存和传递。而Rfx4高表达于哺乳动物视交叉上核,对昼夜变化和温度刺激具有调控作用。剑鱼和旗鱼中该基因的显著改变表明视交叉上核可能对它们也具有关键的调节作用。 此外,研究团队也发现与视觉敏感型相关的rh1在旗鱼、剑鱼和金枪鱼中发生趋同替换,与光感受器发育相关prdm1和rp2分别发生了基因加倍和正选择作用;与上颌骨发育相关的chd9在上游发生了调控元件的缺失可能促进了剑鱼和旗鱼上颌骨的发育,ggps1蛋白结构的改变可能与其上颌骨的快速修复能力有关;hox基因家族中调控元件的丢失可能与旗鱼背鳍发育和剑鱼腹鳍丢失有关。 在本论文中,武宝生 (中国科学院深海所) 为第一作者,何舜平研究员 (中国科学院深海所) 和王堃副教授 (西北工业大学) 为通讯作者。 相关文献:https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab035/6127180