《1月24日_新型冠状病毒国家科技资源服务系统24日上线,2019-nCov首株毒种信息全球首发》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: liuzh
  • 发布时间:2020-01-28
  • 1.时间:2020年1月24日

    2.机构或团队:由国家微生物科学数据中心和国家病原微生物资源库联合建设,由中国疾病预防控制中心、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、中国科学院微生物研究所、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验、中国疾病预防控制中心-中国科学院微生物研究所病原微生物资源与大数据联合研究中心等单位共同建设

    3.事件概要:

    新型冠状病毒国家科技资源服务系统(以下简称系统)具备毒种信息、引物信息、全球冠状病毒序列信息查询及分析等功能。

    该服务系统于1月24日启动,发布了由中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所成功分离的我国第一株病毒毒种信息及其电镜照片、新型冠状病毒核酸检测引物和探针序列等重要权威信息。同时,服务系统整合了全球冠状病毒基因及基因组大数据,建立了全球冠状病毒资源大数据平台。

    系统将随着新型冠状病毒科研工作的进展,及时发布关于新型冠状病毒科技资源和科学数据的权威信息,为新型冠状病毒科学研究提供重要支撑,并为应对当前新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控提供科技资源专题服务。

    系统关于信息共享重点要求,新型冠状病毒毒种在符合有关规定条件下,可对外共享使用(签署共享协议)。使用单位在使用毒种过程中,在相关材料上(包括但不限于论文、专利等),必须标注毒种的来源:国家病原微生物资源库(中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所)和NPRC编号;使用单位在毒种相关活动结束后,应将毒种返回国家病原微生物资源库(中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所)或就地销毁,并向国家病原微生物资源库出具销毁证明和使用情况说明;使用单位所形成的相关成果及科学数据(包括但不限于论文、专利等)应汇交到国家病原微生物资源库和国家微生物科学数据中心。

    系统获得国家科技资源共享服务平台、艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项(2018ZX10734404、2018ZX1010100404)、中国科学院地球大数据先导A类专项(XDA19050301)、中国科学院战略生物资源计划(KFJ-BRP)等项目支持。

    4.附件:

    系统链接:http://nmdc.cn/#/nCoV

  • 原文来源:http://nmdc.cn/#/nCoV
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    • 编译者:liuzh
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    • 1.时间:2020年1月22日 2.机构或团队:国家基因组科学数据中心 3.事件概要: 2020年1月22日,国家基因组科学数据中心正式发布2019新型冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织(WHO)、中国疾病预防控制中心(CDC)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。同时,对不同冠状病毒株的基因组序列做了变异分析与展示。 2019新型冠状病毒资源库收录了来源于NCBI的GenBank数据库和GISAID数据库发布的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采样日期、采样地点、样本提供单位、数据递交单位等元信息。通过该资源库还可访问到国家基因组科学数据中心基因组数据库GWH从公共数据库收录的冠状病毒科基因组和蛋白序列,用户可基于Accession号、种名、属名、采样日期、采样地点、宿主、分离源、发布日期等元信息筛选感兴趣的冠状病毒株,个性化选取序列进行下载以开展相关的科学研究。 2019新型冠状病毒资源库将持续更新元信息与基因组序列数据,实时监控NCBI的PubMed数据库中发表的2019新型冠状病毒和其他冠状病毒的学术文献、中新网与新华网发布的新闻,同步更新世界卫生组织与中国疾病预防控制中心发布的科普介绍,为用户开展学术研究、掌握科研进展、了解新闻动态与科学知识提供资源与窗口。 2019新型冠状病毒资源库基于不同参考基因组序列开展2019-nCoV病毒株基因组变异分析,并对结果进行了统计与可视化展示。通过对全基因组序列相似性比较和变异位点分析,获取2019-nCoV病毒株之间、2019-nCoV病毒株与SARS冠状病毒以及与类SARS冠状病毒蝙蝠株之间的变异程度、变异区域、变异碱基的详细信息。经数据分析,2019-nCoV与2003年爆发的SARS病毒基因组序列相似度为80%,与2017年2月从国内的蝙蝠中采集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因组序列相似性最高,相似度为88%。对2019-nCoV病毒株的基因组变异分析可为追溯病毒来源、追踪病毒株变异路径、防控新型冠状病毒引发的疫情、治疗病毒性肺炎提供重要的数据基础与决策支持。 4.链接:http://www.big.ac.cn/xwzx/kyjz/202001/t20200122_5494163.html
  • 《1月24日_中国武汉2019新型冠状病毒感染病人的临床特征》

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    • 编译者:wangyb
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    • 【2019-nCoV感染患者的临床特征相关研究,结果显示2019-nCoV感染与SARS-CoV相似,可导致严重呼吸系统疾病、ICU治疗和高死亡率。病毒起源、流行特征、排毒时长以及临床感染表现特征等仍需要进一步的研究。】 发表时间:2020年1月24日。 发表团队和机构:武汉市金银潭医院、国家呼吸疾病临床研究中心、临床医学研究所、中日友好医院、北京协和医院、武汉市中心医院、北京大学人民医院等。 作者:黄朝林(武汉金银潭医院)、王业名(中日友好医院)、李兴旺(北京地坛医院)、任丽丽(中国医学科学院病原生物学研究所)、赵建平(华中科技大学同济医学院同济医院)、胡轶(武汉中心医院)等,通讯作者曹彬(中日友好医院)、王健伟(中国医学科学院病原生物学研究所) 文章主要内容如下: 截至2020年1月2日,已确认有41名入院患者实验室确诊2019-nCoV感染。大多数感染的患者是男性(41名患者中的30名[73%]);不到一半的人有潜在疾病(13 [32%]),包括糖尿病(8 [20%])、高血压(6 [15%])和心血管疾病(6 [15%])。平均年龄为49.0岁(IQR 41.0–58.0)。 41例患者中有27例(66%)曾接触过华南海鲜市场。发现一个家庭集群。发病时的常见症状为发烧(41例患者中的40例[98%])、咳嗽(31例[76%])和肌痛或疲劳(18例[44%]);较不常见的症状是有痰(39例中有11例 [28%])、头痛(38例中有3 例[8%])、咯血(39例中有2 例[5%])和腹泻(38例中有1例 [3%])。 40名患者中有22名(55%)出现了呼吸困难(从发病到呼吸困难的平均时间为8.0天[IQR 5.0-13.0])。 41名患者中有26名(63%)患有淋巴细胞减少症。全部41例患者均患有肺炎,胸部CT检查发现异常。并发症包括急性呼吸窘迫综合征(12 [29%]),RNAaemia(6 [15%]),急性心脏损伤(5 [12%])和继发感染(4 [10%])。 13例(32%)患者被送入ICU,六例(15%)死亡。与非ICU患者相比,ICU患者的血浆中IL2、IL7、IL10、GSCF、IP10、MCP1、MIP1A和TNFα更高。