《bioRxiv:首次在全球对奥密克戎突变毒株的刺突蛋白进行分子水平分析》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2022-01-05
  • 最新报告的新冠病毒奥密克戎变异毒株或将取代德尔塔变异毒株,成为在全球传播速度最快的SARS-CoV-2突变毒株。近日,一篇发表在预印版网站bioRxiv上题为“SARS-CoV-2 Omicron Variant: ACE2 Binding, Cryo-EM Structure of Spike Protein-ACE2 Complex and Antibody Evasion”的研究报告中,来自英属哥伦比亚大学等机构的科学家们通过研究在全球首次对奥密克戎突变毒株的刺突蛋白进行了分子水平上的结构学分析。

    文章中,研究人员利用低温电镜技术以接近原子分辨率的水平揭示了这种严重的变异毒株是如何感染人类细胞并能高度躲避宿主机体的免疫力,相关研究结果或能帮助解释为何奥密克戎变异毒株具有较高的传播性,同时还有望帮助研究人员开发更为有效的治疗性策略。研究者表示,奥密克戎变异毒株拥有37个刺突蛋白,这一数量或许是前所未有的,而且要比研究人员看到的其它突变毒株多3-5倍。

    这一点就非常重要,首先因为刺突蛋白是病毒吸附并感染人类细胞的方式,其次,抗体会吸附到刺突蛋白上来中和病毒。因此,刺突蛋白上的小突变往往会对病毒的传播方式、机体如何去抵御突变毒株以及疗法的有效性产生重大的影响。研究人员利用低温电镜和其它手段揭示了突变如何在分子水平下影响奥秘克隆突变毒株的行为。研究者表示,我们看到,包括R493, S496和R498在内的多个突变会在刺突蛋白和人类细胞受体ACE2之间产生新的盐桥和氢键,这似乎就会增加病毒的亲和力(病毒吸附到人类细胞上的强度),而其它突变(K417N)则会降低这种结合的强度。

    总体而言,研究结果表明,相比原始的SARS-CoV-2病毒而言,奥密克戎突变毒株有着更强的亲和力,其水平与我们所看到的德尔塔突变毒株相似;但重要的是,尽管发生了如此广泛的变异,但奥密克戎突变毒株仍能保持与人类细胞有效结合的能力。本文研究证实了科学家们在现实世界中看到的情况,即奥密克戎突变毒株在躲避通常用用作治疗的单克隆抗体以及躲避疫苗和自然感染所产生的免疫力上或许远远优于其它突变毒株。

    值得注意的是,相比未接种疫苗的COVID-19患者的自然感染所产生的免疫力相比,奥密克戎对疫苗所产生的免疫力的躲避水平较低,这就表明,接种疫苗依然是有效抵御奥密克戎突变毒株的最佳防御性手段。研究人员所观察到的刺突蛋白突变(能与人体细胞强烈结合并增加抗体的逃避)的两个特征都可能会导致奥密克戎突变毒株传播性增加的因素,这些或许都是促进突变体快速扩散的基本截至,这也就是为何奥密克戎为何能很快成为SARS-CoV-2的主要突变体了。

    好消息是,揭示奥密克戎突变毒株刺突蛋白的分子结构或能帮助研究者开发抵御奥密克戎即其相关突变体的新型有效性疗法,理解病毒吸附并感染人类细胞的机制意味着我们需要开发出能干扰这一过程并中和病毒的治疗性手段。目前研究人员的重点就是更好地理解中和性抗体的结合,以及在整个突变体范围内有效的治疗方法,同时研究人员还有望用来帮助开发抵御突变体的新型疗法。

    综上,本文研究结果表明,ACE2层面上相互作用的保留以及抗体规避的增加或许是导致奥密克戎突变毒株传播性增加的分子因素。

  • 原文来源:https://news.bioon.com/article/6794455.html;https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.19.473380v1
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    • 编译者:hujm
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    • 令人关注的SARS-CoV-2奥密克戎突变毒株由于积累了大量的刺突突变,从而就能躲避来自疫苗接种或感染了早期突变体的抗体所介导的免疫力,近日,一篇发表在国际杂志Science上题为“Structural basis of SARS-CoV-2 Omicron immune evasion and receptor engagement”的研究报告中,来自华盛顿大学等机构的科学家们通过研究确定了奥密克戎突变毒株的刺突蛋白上的精确结构改变,研究者的观察结果或能帮助解释病毒如何躲避针对此前突变体的抗体,且能仍然保持高度传染性。 研究者David Veesler说道,本文研究发现提供了一张蓝图,或能帮助研究人员设计新的对策(无论是疫苗或是治疗手段)来应对可能出现的奥密克戎和其它冠状病毒突变毒株。奥密克戎突变毒株于2021年11月在南非被首次发现,目前其在全球所导致的感染和传播不断扩展,除了具有高度传染性外,该突变体还能躲避针对早期其它突变株的抗体,这或许就会导致已经接种疫苗或此前被感染的个体发生突破性的感染。 奥密克戎突变毒株的传染性被认为至少部分是由于病毒刺突蛋白上的氨基酸序列发生了大量的突变,其能利用刺突蛋白来锁定并进入其所感染的细胞中,奥密克戎突变毒株的刺突蛋白有37个突变,这使其与2020年第一批SARS-CoV-2分离株或有所不同。此前研究者Veesler及其同事发现,由6种最常用的疫苗所产生的抗体以及目前用于治疗感染的单克隆抗体中除了一种以外的所有抗体都具有降低或废除奥密克戎突变毒株的能力。 但突变毒株中的很多突变都会影响负责吸附并进入宿主细胞的刺突蛋白的区域的结构,这一区域称之为受体结合结构域,很多研究人员预测受体结合结构域结构所发生的改变或许会损伤突变毒株进入到细胞靶点上的能力,这一靶点就是称之为血管紧张素转换酶-2(ACE2)的蛋白质,然而,本文研究中,研究者Veesler及其同事通过研究发现,这种改变实际上会使得受体结合结构域与ACE2结合的能力增加2.4倍。 为了理解奥密克戎突变毒株在保留与宿主受体ACE2有效相互作用时为何会积累如此多的突变,研究人员利用低温电镜和X射线晶体学技术揭开了奥密克戎突变毒株刺突蛋白的3-D组织,这种方法或许就能使其达到大约3埃的分辨率,在这种分辨率下,研究人员就有可能会解析出组成刺突蛋白的单一氨基酸和基本部件的形状,此外,研究人员还揭示了刺突蛋白的结构改变如何影响有效抵御此前毒株的抗体与奥密克戎突变毒株结合的能力。利用这种技术,研究人员揭示了突变如何改变蛋白质与抗体的相互作用方式,从而就会使得针对该突变毒株的几乎所有单克隆抗体的能力降低,同时,刺突受体结合结构域与ACE2结合的能力也会得到增强,最后产生的总体效应就会使得受体结合结构域有可能会躲避靶向作用的抗体,并与ACE2更加紧密地结合。 研究者表示,这些病毒具有难以置信的可塑性,其能够改变很多,且仍然会维持其感染和复制所需要的所有功能,而且其几乎能够保证奥密克戎突变毒株并不是科学家们所看到的最后一个突变毒株。未来研究人员旨在研究并识别刺突蛋白上的其它区域,而这些区域或许并不能在不导致蛋白质失去功能的情况下被改变,由于这一重要性,这些区域往往更趋向于保持保守状态,即使蛋白质的其它部分发生了突变。 因此,病毒蛋白质的这种保守区域很有可能在新突变毒株出现的情况下保持不变,这些区域或许会成为新型疫苗和治疗性手段的理想靶点,而这些疫苗或治疗性策略或许不仅能有效抵御新的突变毒株,还能在抵御新的sarbecoviruses上保持有效性。综上,本文研究结果表明,研究人员提供了一张蓝图或能帮助理解其它治疗性单克隆抗体结合水平的显著下降会导致其中和活性的减弱;奥密克戎突变毒株受体结合结构域与人类ACE2之间的相互作用的重塑或许就能帮助解释宿主受体相对于祖先病毒的亲和力增强的结果。
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-11-29
    • 来自意大利罗马耶稣儿童医院的多模式医学实验室公布了全球首张关于新冠病毒变异毒株Omicron(奥密克戎)的图片。 研究人员表示,这并不一定意味着奥密克戎更危险,而是意味着病毒为了更加适应人类物种,产生了另一种突变。进一步的研究将告诉我们这种适应是中性的不那么危险的,还是更危险的。 截至北京时间上午十点,比利时、英国、德国、意大利和捷克共和国均已确认感染奥密克戎的病例。此外,荷兰从南非飞抵的两趟航班中的85人核酸检测呈阳性,荷兰卫生部称有95%的把握确认其中61人感染了奥密克戎。 而以色列在前一天发现2例疑似奥密克戎感染者后,刚刚已宣布关闭边境,禁止所有外国旅客入境,成为全球首个因奥密克戎毒株而封锁国境的国家。 中国香港也已在前一天确认感染奥密克戎病例。 根据英国卫生安全局的说法,这种新变异毒株的S蛋白与新冠疫苗所基于的原始新冠病毒毒株的完全不同。欧洲疾病预防和控制中心表示,鉴于奥密克戎的免疫逃逸潜力和与德尔塔相比可能增加的传播优势,它在欧洲传播的风险目前是 "高到非常高"。 世界卫生组织在周五的声明中表示,初步证据表明,与其他令人担忧的变异毒株相比,奥密克戎还具有更高的再感染风险。 虽然科学家们表示有理由担心这种新变异毒株,但他们强调仍有很多未知的问题,包括该变异株是否确实更具传染性,它是否会导致更严重的疾病,或者它对疫苗效力的影响会如何等。正如世卫组织流行病学家Abdul El-Sayed所指出的:“我认为我们应该慢些下结论,等待有关这方面的科学数据。” 美国布朗大学公共卫生学院院长Ashish Jha博士说,他认为奥密克戎不会造成“疫苗将变得毫无用处”的情况。他说:“我认为这是极不可能的。疫苗功效是否受到轻微打击,还是受到很大打击?我想我们可能会在接下来的几天内获得一些初步数据。”