《整体和单细胞RNA-seq数据的综合分析揭示了膀胱癌中细胞分化相关的亚型和评分系统》

  • 来源专题:重大慢性病
  • 编译者: 黄雅兰
  • 发布时间:2024-10-16
  • 膀胱癌(BLCA)表现出显著的分子异质性,影响不同的临床结果。然而,与细胞分化相关基因(CDR)相关的分子亚型及其预后意义仍未被研究。分析两个地理单细胞数据集,我们确定了与细胞分化相关的基因。利用这些基因,我们探索了不同的分子亚型。WGCNA分析进一步确定了CDR相关基因,并开发了使用Lasso和Cox回归构建的CDR评分系统。评估患者组间的临床预后和免疫相关因子的变化。通过体外实验选择并确认核心基因。鉴定了两种与细胞分化相关的BLCA亚型:亚型B显示出良好的预后,而亚型A显示出显著的免疫细胞浸润。九个基因的CDR评分系统揭示了较高的评分和较差的预后之间的正相关。综合分析揭示了CDR基因和M2巨噬细胞与免疫治疗无反应性之间的正相关。功能实验证实,ANXA5下调影响肿瘤细胞迁移,而不影响增殖。我们的研究揭示了不同的细胞分化相关分子亚型,并介绍了BLCA的CDR评分系统。ANXA5作为一个潜在的治疗靶点出现,为个性化治疗策略提供了有希望的途径。
  • 原文来源:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/jcmm.70111
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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-07-26
    • 2024年7月23日,张泽民课题组在Cell发表了题为Pan-cancer single-cell dissection reveals phenotypically distinct B cell subtype的研究论文。该研究通过整合来自19种主要癌症类型的649名患者的单细胞RNA测序数据,构建了包含511,857个B细胞的泛癌种B细胞单细胞表达谱图谱,鉴定出5个B细胞大类和20个B细胞亚类。研究人员还利用算法重建了部分细胞的BCR序列,并对80例患者样本进行了肿瘤浸润B细胞相关的免疫组化或多色免疫组化染色。 基于整合的数据资源,研究人员发现肿瘤浸润B细胞的丰度和亚群组成在不同癌症类型间表现出了明显的偏好性。研究人员还观察到在肿瘤中存在B细胞分化阶段中重要的过渡亚群,例如,肿瘤中的生发中心B细胞前体(pre-germinal center B cell)和浆母细胞(plasmablast)。通过BCR序列分析,研究人员在肿瘤内观察到BCR序列演化的进程,以及伴随此演化过程中出现的从生发中心B细胞(germinal center B cell)向记忆B细胞(memory B cell)和抗体分泌细胞(antibody-secreting cell)的转化,这与二级淋巴器官生发中心反应的过程相类似。此外,研究人员关注到肿瘤浸润抗体分泌细胞的免疫球蛋白类型倾向于IgG型,尤其是IgG1亚型。 除此以外,研究人员还鉴定出了两群在泛癌种水平上广泛存在、在肿瘤中富集且具有预后潜力的亚群:应激反应记忆B细胞(stress-response memory B cell)和肿瘤相关非典型B细胞(TAAB),它们分别与癌症患者更短和更长的生存期相关。应激反应记忆B细胞高表达应激反应相关基因,与之前报道的肿瘤相关功能失调NK细胞(tumor-associated dysfunctional NK cell)和应激反应T细胞(stress-response T cell)相类似,这两类细胞的应激反应特征被报道与病人的不良预后或免疫治疗不响应相关。在尝试寻找与患者的不良预后相关的TIB亚群时,研究人员发现调节B细胞(regulatory B cell),或者说IL10+ B细胞,在单细胞聚类分析中并不能单独成群,这些细胞很可能源自B细胞分化的不同阶段。 肿瘤富集的肿瘤相关非典型B细胞(TAAB)在肿瘤组织中具有高克隆扩增水平和增殖能力,并呈现高度激活的转录状态。CD4 T细胞,尤其是CXCL13+ CD4 T细胞,可能与肿瘤相关非典型B细胞(TAAB)在其激活和向浆细胞分化的过程中产生相互作用。重要的是,肿瘤相关非典型B细胞(TAAB)的特征与患者预后存在癌症类型依赖性关联,并且也是多种免疫治疗响应的预测指标。 综上所述,该研究拓展了在泛癌种视角对肿瘤浸润B细胞的了解,为B细胞的异质性及其抗肿瘤免疫反应提供了新的见解,并为未来进一步探索B细胞在癌症中功能的共性和多样性奠定了基础。
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-02-23
    • 2月18日,bioRxiv预印平台发表了中南大学湘雅医院等的论文“Single-cell Analysis of ACE2 Expression in Human Kidneys and Bladders Reveals a Potential Route of 2019-nCoV Infection”,评估了健康肾脏和膀胱的所有种类细胞中ACE2基因的表达水平。 在短时间内,血管紧张肽转换酶II(ACE2)被认为是2019-nCoV进入细胞的受体,这与严重急性呼吸综合征病毒(SARS)一样。为了探讨2019-nCoV患者肾损伤的潜在原因,该研究团队使用已发表的肾和膀胱细胞图谱数据和一个独立未发表的肾单细胞转录组测序数据,来评估在健康肾脏和膀胱的所有种类细胞中ACE2基因的表达水平。研究结果显示,肾小管上皮细胞高表达ACE2,而膀胱上皮细胞虽然可以检测得到ACE2的表达,但表达水平低。这些结果表明,泌尿系统可能与呼吸系统和消化系统一样,是2019-nCoV感染的潜在途径。同时,SARS和2019-nCoV患者的肾脏异常可能是由于近端肾小管细胞的损伤,随后导致系统性炎症反应从而引发的肾损伤。除此之外,进一步的证据需要对一些2019-nCoV特殊患者的尿液进行病毒及其他相关指标的检测。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。