《DepLogo：在R中可视化序列依赖性》

• 来源专题：实验室生物安全
• 编译者： 苑晓梅
• 发布时间：2019-06-30
• 原文来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31225867

统计依赖性存在于各种序列数据中，但是不能从传统的序列标识中辨别出来。 在这里，我们提出了R包DepLogo，用于将对齐的序列数据中的位置间依赖关系可视化为依赖关系徽标。 依赖性标志使得依赖性结构对应于在依赖位置处的符号的常规共现，在视觉上可感知。 为此，如通过互信息测量的，在高度依赖的位置处基于序列对序列进行划分，并且每个分区获得其自己的视觉表示。 我们在几个用例中说明了DepLogo包的实用程序，这些用例从DNA，RNA和蛋白质序列生成依赖性标识。