《肠道神经细胞的单细胞图谱揭示了网络的连接》

  • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2020-09-08
  • 在整个胃肠道系统是一个广泛的神经元阵列协调几乎所有活动涉及消化,肠道运动,和对有害刺激的反应。这些细胞组成了肠神经系统(ENS),并将信号从肠道传输到大脑,但它们稀少且脆弱,很难分离和研究。

    由麻省理工学院(MIT)布罗德研究所(Broad Institute of MIT)、哈佛大学(Harvard)和麻省总医院(Massachusetts General Hospital)的研究人员领导的一个团队,现在已经克服了这些挑战,他们开发了一种新方法来生成人类和小鼠体内ENS的单细胞图谱。

    通过分析这些单个神经元的基因活动,科学家们推断,肠道中的神经元正在与包括免疫细胞在内的多种其他细胞进行通信。他们还发现,与疾病相关的关键基因在这些细胞中表达。

    研究结果表明,ENS是连接肠道、免疫系统和中枢神经系统的中枢,在肠道的过敏、炎症和运动障碍以及影响大脑的疾病中发挥重要作用。

    研究这类神经免疫相互作用是“食物过敏科学计划”(Food Allergy Science Initiative)的下一阶段。“食物过敏科学计划”是一个由多家机构合作开展的研究项目,总部设在Broad,旨在了解食物过敏的生物学基础,并鼓励开发新的治疗方法。该倡议帮助支持了这项新研究。

    学习发生了什么”的存在,我们可以更好地了解系统与上皮细胞,免疫,和其他细胞,并生成新方法治疗障碍在整个系统中,“广泛的核心Ramnik Xavier研究所成员说,这项研究的文章的第二作者,免疫学项目主任和副主任传染病和微生物项目的广泛,调查员在马萨诸塞州综合医院,以及哈佛医学院的医学教授库尔特·伊斯尔巴彻。

    这项研究发表在本周的《细胞》杂志上,由布罗德研究所卡拉曼细胞天文台(KCO)的尤金·卓克里安斯基(Eugene Drokhlyansky)、克里斯托弗·斯迈利(Christopher Smillie)和尼古拉斯·范·维滕伯格(Nicholas Van Wittenberghe)共同第一作者领导。

    单细胞狩猎

    肠内神经元的研究一直颇具挑战性,部分原因是它们罕见、脆弱,很难从周围组织中分离出来。

    为了克服这些障碍,研究小组设计了两种新的方法来研究小鼠和人类的ENS单细胞分辨率:RAISIN RNA-seq和MIRACL-seq。RNA-seq是一种分离保留细胞核和附着的核糖体(细胞的蛋白质制造机制)的单个细胞的实验室协议,提供了对细胞内RNA更全面的观察。然后,MIRACL-Seq (Mining Rare Cells)使研究人员能够更有效地搜索稀有细胞类型,并在分离复杂的组织样本后收集它们。

    这些技术使得研究小组能够对5068只老鼠和1445名人类肠道神经元以及两种不同种类的肠道细胞进行分析。研究人员可以将这些方法应用于新鲜和冷冻的组织标本,并可以使用这些技术来分析肠外组织中的稀有细胞类型。

    “我们的团队的创造力和毅力在发展这些新技术使我们构建和验证了肠神经系统研究的综合情况,在小鼠和人类,”说文章的第二作者Orit Rozenblatt-Rosen,广泛的高级主任单细胞基因组学和科学KCO主任。“这些数据将使我们更好地了解肠神经系统在各种疾病中的作用,并查明导致这些疾病的遗传风险因素作用的细胞类型。”

    在实体

    该团队的分析揭示了肠道神经系统中数十种不同的神经元亚群,并表明细胞的组成及其基因表达因肠道解剖区域、年龄甚至是取样时间的不同而不同。

    这些数据还表明,不同亚型的神经元和周围细胞之间有多个新的回路。肠神经元之间的连接发现和免疫系统可以帮助指导未来研究如何参与胃肠神经系统疾病,和为什么某些中枢神经系统疾病,如自闭症谱系障碍和帕金森病、肠道功能障碍早期症状。

    Xavier说,研究这些肠神经元可以为肠易激综合征、肠道过敏紊乱和不明原因的肠神经病变(消化系统神经损伤或退化)提供新的见解。

    “在很多方面,肠内神经元可以比作管弦乐队的指挥,”Xavier说。例如,食物过敏的患者通常会在很短的时间内出现腹痛、恶心、呕吐和腹泻等症状,这表明肠道神经元已经感觉到不对劲,并启动了早期预警系统。瞄准这些细胞可能是减少对食物和其他过敏原的过敏反应的一种方法。”

    该研究的第三位共同高级作者是Broad core institute的成员特拉维夫·雷格夫(Aviv Regev),他现在是基因泰克研究和早期开发的执行副总裁。

相关报告
  • 《Nature | 单细胞整合揭示炎症性肠道疾病中的化生》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:朱晓琳
    • 发布时间:2024-12-02
    •   人类细胞图谱(HCA)旨在绘制人体细胞(生命基本单元)的全面参考图谱——作为理解人体健康和诊断、监测、治疗疾病的基础。近日,HCA联盟在自然系列(Nature Portfolio)和Genome Biology发表了一系列论文,展示了多个图谱的早期草图以及分析工具。(见参考链接)   在《Nature》2024年11月20日发布的论文《Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases》中,Amanda Oliver和同事绘制的胃肠道图谱揭示了克罗恩病和溃疡性结肠炎等疾病的相关细胞改变。   胃肠道是一个多器官系统,对于有效吸收营养和屏障免疫至关重要。基因组学的进步和胃肠道疾病的激增,推动了对构成健康和疾病中胃肠道组织的细胞进行分类的努力。作者系统整合了 25 个单细胞 RNA 测序数据集,涵盖发育中和成年期的整个健康胃肠道。文章使用新开发的自动化质量控制方法 (scAutoQC) 统一处理了来自 189 个健康对照的 385 个样品,从而产生了具有大约 110 万个细胞和 136 个细粒细胞状态的健康参考图谱。文章将涵盖胃肠道癌症、乳糜泻、溃疡性结肠炎和克罗恩病的 12 个胃肠道疾病数据集锚定在此参考中。利用这 160 万个细胞资源 (gutcellatlas.org),本文发现了肠道炎症性疾病中起源于干细胞的上皮细胞化生,与幽门和 Brunner 腺中的细胞具有转录相似性。虽然以前与黏膜愈合有关,现在通过募集包括 T 细胞和中性粒细胞在内的免疫细胞,将幽门腺化生细胞与炎症联系起来。总体而言,本文描述了炎症诱导的干细胞变化,这些变化会改变粘膜组织结构并促进进一步的炎症,这一概念适用于其他组织和疾病。 图|a,图谱的示意图概述,表示健康参考作为核心,并通过迁移学习映射其他疾病数据集。GI,胃肠道;QC,质量控制。面板 a 中的示意图是使用 BioRender(https://biorender.com) 创建的。b,scAutoQC 概述,一种用于去除低质量细胞的自动化、无监督质量控制方法。UMAP,均匀流形近似和投影。c,每项研究的细胞和供体数量概述,按年龄和胃肠道区域(y 轴)细分。圆点大小表示供体的数量,颜色表示细胞的数量。y 轴的颜色表示宽层器官(口腔粘膜、唾液腺、食道、胃、小肠、大肠和肠系膜淋巴结 (MLN))。
  • 《研究重点: 人类细胞图谱》

    • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2019-10-30
    • 人类细胞图集项目汇集了生物学家,临床医生,技术人员,物理学家,计算科学家,软件工程师和数学家组成的国际社区。 这个由不同专业知识的科学家组成的社区拥有共同的目标,即创建所有人类细胞的全面参考图谱,作为了解人类健康以及诊断,监测和治疗疾病的基础。 如果没有不同细胞类型的图谱,它们在体内的位置以及它们表达的基因,我们将无法描述所有的细胞活动并无法理解指导它们的生物学网络。 最近,诸如单细胞基因组学之类的新工具首次使这一目标得以实现。 全面的细胞图谱将使对人体中所有类型甚至亚型的细胞进行分类,识别它们在体内的位置,甚至区分不同的分化阶段和细胞状态(例如免疫细胞激活)成为可能。地图集还使研究人员可以绘制细胞谱系图,例如从骨髓中追溯到红血球直至其干细胞起源。 细胞图谱具有将我们的生物医学方法转变的潜力。这将有助于识别不同疾病的标记和特征,发现用于治疗干预的新靶标,并提供体内人类生物学的直接视图,从而消除了细胞培养的失真方面。 广泛的新闻发布和新闻报道 国际人类细胞图集计划正在进行中 本周在伦敦举行的一次国际会议上,正在讨论一项雄心勃勃的全球倡议,以创建人类细胞图集-将人体中的每个细胞描述为参考图,以加快生物医学科学的发展。最终,《人类细胞图谱》将彻底改变医生和研究人员如何理解,诊断和治疗疾病。 国际人类细胞图谱发布了战略蓝图;宣布前一百万个细胞的数据 蓝图描述了对人体中每个细胞进行分类的途径。细胞数据发布,可供研究社区使用。 Human Cell Atlas迈出了了解人类早期发育的第一步 从一系列人类组织中测序出的前250,000个发育细胞。 研究人员在“人类细胞图集”在线门户网站上发布了半百万个人类免疫细胞的遗传图谱 在发布之前,研究人员可以在Data Coordination Platform的预览版上编译原始数据并使其公开访问。 研究人员发现新型肺细胞,对囊性纤维化的重要见解 在人体组织中经过验证的对小鼠气道细胞的全面单细胞分析显示了对理解肺部疾病至关重要的分子细节。 单细胞图谱揭示了溃疡性结肠炎的潜在基础 成千上万的结肠细胞为炎症性肠病出了什么问题以及为什么某些患者对药物没有反应的原因提供了新的线索。