《警惕!瑞典田鼠中发现一种新的冠状病毒》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2022-06-12
  • 瑞典乌普萨拉大学研究人员最近发现了一种新的冠状病毒,名为“格里姆瑟病毒”(Grims? Virus)。他们对在瑞典厄勒布鲁市格里姆瑟地区附近捕获的大约260只堤岸田鼠的研究表明,这种病毒在该种田鼠中的传播“得到了很好的证实”。这一发现已于6月1日发表在《病毒》杂志上。

      来自乌普萨拉大学人畜共患病科学中心(ZSC)的研究人员绘制了人畜共患病病毒的地图,以增加对病毒与宿主动物之间相互作用的了解。与起源于蝙蝠的SARS病毒和中东呼吸综合征冠状病毒不同,季节性冠状病毒,如HCoV-OC43和HCoV-HKU1,似乎是从大鼠、小鼠和田鼠等啮齿动物传播给人类的。

      在这项新研究中,ZSC的研究人员检查了2015至2017年间在格里姆瑟附近捕获的堤岸田鼠,并对它们进行了冠状病毒检测,发现了一种新的冠状病毒,属于贝塔(β)冠状病毒家族,被称为“格里姆瑟病毒”,而SARS病毒、中东呼吸综合征冠状病毒和新冠病毒均属于贝塔冠状病毒属。

      堤岸田鼠是一种生活在林地的小型田鼠,体长约10厘米,与仓鼠和旅鼠有亲缘关系。在北美,有150多种不同的田鼠。堤岸田鼠也是欧洲最常见的啮齿动物之一。此前研究发现,几种冠状病毒在英国、波兰、法国和德国等国的动物中传播。

      尽管导致新冠肺炎的病毒是否可能起源于蝙蝠尚不清楚,然而,已知的其他冠状病毒起源于啮齿动物,包括大鼠、小鼠和田鼠。现在,瑞典科学家在3.4%的受测田鼠身上发现了“格里姆瑟病毒”。

      乌普萨拉大学病毒学教授、人畜共患病科学中心主任奥克·伦德克维斯特说:“2015—2017年间,我们在3.4%的田鼠体内发现了称之为‘格里姆瑟病毒’的病毒,这表明这种病毒在瑞典的堤岸田鼠中很普遍。”

      啮齿动物已经携带了几种人畜共患病原体,如汉坦病毒和引起土拉菌病的病毒,这意味着它们在传染病的传播过程中起着关键作用。近年来,与啮齿动物等小型哺乳动物有关的传染病急剧增加,围绕这些宿主动物的生态研究是防止未来疫病暴发的重要工作。

      研究人员表示,目前尚不清楚“格里姆瑟病毒”可能对公众健康构成什么潜在威胁。然而,根据观察和以前在堤岸田鼠中发现的冠状病毒,有充分理由继续监测野生啮齿动物中的冠状病毒。

  • 原文来源:http://digitalpaper.stdaily.com/http_www.kjrb.com/kjrb/html/2022-06/09/content_536695.htm?div=-1
相关报告
  • 《Nature:新研究发现9种新的冠状病毒》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-02-20
    • 在一项新的研究中,来自加拿大、法国、俄罗斯、西班牙、美国和德国的研究人员重新分析了所有公开的RNA测序数据,发现了比以前已知的RNA病毒多出近10倍的病毒,包括在一些意想不到的地方发现的几种新的冠状病毒。这个全球规模的RNA病毒数据库可以帮助快速识别病毒外溢到人类,以及那些影响牲畜、作物和濒危物种的病毒。相关研究结果于2022年1月26日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery”。论文通讯作者为加拿大独立研究员Artem Babaian博士。 Babaian博士是Serratus项目合作的幕后推手。Babaian说,与云创新中心(加拿大英属哥伦比亚大学和亚马逊网络服务之间的公共/私人合作)合作,Serratus项目能够在亚马逊网络服务上建立一台“极其强大”的超级计算机,其功率相当于22500个CPU。 这台超级计算机读取了来自世界各地570万个生物样本的2000万GB(gigabyte, 千兆字节)的公开基因序列数据,寻找表明存在RNA病毒的特定基因。这些样本已经收集了13年,并在世界研究界内自由分享,包括从冰芯样本到动物粪便的一切样本。 Serratus项目的研究人员发现了132000种RNA病毒(以前只知道15000种)和9种新的冠状病毒。Babaian估计,如果没有云创新中心和亚马逊网络服务,传统的超级计算机需要花费一年多的时间和几十万美元来完成这项分析所需的2000年的CPU时间。Serratus项目在11天内花费24000美元完成了这一任务。 Babaian说,“我们正在进入一个了解自然界中病毒的遗传和空间多样性的新时代,以及各种各样的动物如何与这些病毒接触。我们希望是如果像SARS-CoV-2---导致COVID-19的冠状病毒---之类的病毒再次出现,我们不会措手不及。这些病毒可以更容易地被识别,并且可以更快地找到它们的天然病毒库。真正的目标是这些感染被及早识别,以至于它们永远不会成为大流行病。如果一名病人出现不明原因的发烧,一旦对血液进行测序,你如今可以将人类中的未知病毒与现有病毒的更大数据库联系起来。例如,如果一名病人在圣路易斯市出现了来源不明的病毒感染,你如今可以在大约两分钟内通过这种数据库进行搜索,并将这种病毒与例如2012年在撒哈拉以南非洲取样的一只骆驼联系起来。” 32岁的Babaian之前一直在加拿大英属哥伦比亚省癌症研究中心进行癌症基因研究,当COVID-19大流行病发生时,他转换了研究方向。Babaian说,这项新的研究是作为一个“有趣的副业”开始的,始于2020年3月3日,当时他和他的登山伙伴朋友---英属哥伦比亚大学工程系学生Jeff Taylor---“在一张餐巾纸的背面”勾勒出了这个想法。他指出,“我应该保留那张餐巾纸。” Babaian不久后向英属哥伦比亚大学的云创新中心(Cloud Innovation Centre)寻求帮助。Serratus项目,以英属哥伦比亚省Tantalus山脉的Serratus山命名,他和Taylor在2020年的一次攀登中看到了这座山,于是发起了这个项目。 Babaian回忆说,当第一批研究结果开始在他的笔记本电脑上闪现时,他正坐在他妻子的护理椅上,这表明Serratus项目不仅在工作,而且以几乎难以理解的速度产生数据。 他说,“这可能是我生命中最激动人心的科学时期。有两种类型的乐趣。第一类是微笑和开玩笑。第二类是当你在做这件事的时候很痛苦,但记忆却很闪亮,就像攀岩。在许多方面,Serratus项目是第二类乐趣。你只需要相信它会成功。” Babaian说,如果没有英属哥伦比亚大学云创新中心的支持,他不可能完成这项研究。他说,“云创新中心确实在那里为我们打开了大门。我们有一个想法,他们从他们的网络中带来了专家,使其成为现实。如今,全球社会可以从所有这些以前未被利用的研究中受益。” 英属哥伦比亚大学云创新中心主任Marianne Schroeder说,“Babaian带着一个创新的愿景找到了我们。英属哥伦比亚大学云创新中心的力量在于,我们将英属哥伦比亚大学的内部创新和技术团队与亚马逊网络服务的团队配对。我们非常荣幸能够支持这一愿景的实现;协助为复杂问题找到技术解决方案是我们的工作。” 参考资料: Robert C. Edgar et al. Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-021-04332-2.
  • 《11月23日_科学家在英国蝙蝠中发现一种新的冠状病毒》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:YUTING
    • 发布时间:2021-12-15
    • Phys.Org网站11月23日消息,东安格利亚大学、伦敦动物学会和英格兰公共卫生署(PHE)的研究人员在英国马蹄蝙蝠中发现了与SARS-CoV-2相关的冠状病毒,没有证据表明这种新型冠状病毒已经传播给了人类。 研究人员在英国各地收集了50多只菊头蝠的粪便样本,并对其进行了病毒分析和基因组测序。研究人员在其中一个粪便样本中发现了一种新型冠状病毒RhGB01。这种新病毒属于冠状病毒的一个亚组,称为sarbecovirus。该亚组还包括SARS-CoV-2和SARS-CoV。这是研究人员第一次在菊头蝠中发现sarbecovirus(SARS相关冠状病毒)。研究人员表示,这些蝙蝠已经携带这种病毒很长时间了。这种新型病毒不太可能对人类构成直接风险,除非它发生突变。因为该病毒的受体结合域(RBD)与人类细胞不兼容。但是,任何携带类似于SARS冠状病毒的蝙蝠都可以成为病毒突变的宿主。因此,如果感染了RhGB01的蝙蝠感染了SARS-CoV-2,则存在以下风险:这些病毒会与SARS-CoV-2的RBD杂交并出现一种新病毒,进而使RhGB01能够感染人。因此,与蝙蝠或其粪便接触的人,例如从事洞穴探险或蝙蝠保护的人员,都应佩戴个人防护装备。另外,还应在全球范围内对任何处理蝙蝠和其他野生动物的人实施严格的规定。