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《无细胞生物设计助力生物制造》

  • 来源专题：生物科技领域知识集成服务
  • 编译者： 陈方
  • 发布时间：2020-09-10

  • 2020年6月15日Nature Chemical Biology报道，美国西北大学合成生物学家开发了一种新的快速原型系统来加速生物系统设计，将生产可持续生物制造产品的时间从几个月缩短到几周。
    这个名为生物合成酶体外原型设计和快速优化（in vitro prototyping and rapid optimization of biosynthetic enzymes，iPROBE）平台，提供了一个快速而强大的设计-构建-测试框架，可以快速发现细胞代谢工程的最佳生物合成途径，识别最佳途径酶和配比，推动生物制造产业化。
    为了验证iPROBE系统，研究人员设计了产乙醇梭菌（Clostridium autoethanogenum）生产3-羟基丁酸酯和丁醇的最佳生物合成途径，改进后的菌株生产3-羟基丁酸酯的产量增加了20倍。研究团队应用iPROBE优化柠檬烯的合成，在短短几周内，iPROBE设计出了可以合成柠檬烯的数百种酶组合物方式。据介绍，该系统最多可以将生物合成途径扩展至约500种。苯乙烯的天然毒性导致了以往生物合成研究的失败，研究团队使用iPROBE成功设计出迄今为止合成效率最高的苯乙烯生物合成途径。
    研究者表示，利用iPROBE设计特定产物的生物合成途径，极大地扩展了生物制造的可能性，为无细胞系统加速重要可持续化学品的生物设计树立了新标杆。该研究有望推动社会从依赖化石燃料的生产过程转向更具可持续性、基于生物合成的生产方式，推动生物经济的繁荣与发展。
    吴晓燕  编译自https://phys.org/news/2020-06-biological-sustainable-biomanufacturing.html
    原文链接：https://www.nature.com/articles/s41589-020-0559-0
                                    原文标题：In vitro prototyping and rapid optimization of biosynthetic enzymes for cell design
    产业·市场

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  • 《Agile BioFoundry选择新项目加速生物制造》
    • 来源专题：生物科技领域知识集成服务
    • 编译者：陈方
    • 发布时间：2020-09-10
    • 2020年7月13日，美国能源部（DOE）宣布选择8个总额超过500万美元的项目，以加速美国生物制造部门所需的研究和开发。 由美国能源部能源效率办公室和可再生能源生物能源技术办公室赞助，ABF旨在通过联合和扩大国家实验室的能力来推进生物制造，开发一个强大、灵活的生物制造平台，供私营和公共部门的研究人员使用。作为敏捷生物铸造厂（Agile BioFoundry，ABF）联盟计划的一部分，这些项目将利用国家实验室的能力来应对生物制造方面的挑战。 该计划选择的项目如下： （1）纽约州纽约市的C16 Biosciences公司将与太平洋西北公司和桑迪亚国家实验室合作，在拟南芥中进行脂肪酸合成工程，以生产可持续的棕榈油替代品。 （2）位于南卡罗来纳州克莱姆森的克莱姆森大学将解决工业酵母发酵可靠性方面的共同挑战，这对于许多产品都很重要。 （3）伊利诺伊州斯科基市的LanzaTech将通过构建解决方案，以更低的成本更高效、更快速地设计生产宿主，从而推动合成生物学领域的发展。 （4）位于德国新城堡的White Dog Labs将使用异丙醇生产菌株梭菌梭状芽胞杆菌（Clostridium ljungdahlii）作为模型系统，阐明微生物在连续的细胞保持过程中所发生的特定变化。 （5）马萨诸塞州米尔顿市的Kalion公司将以葡糖二酸生产作为模型，利用机器学习和人工智能技术来降低生长培养基的生产成本，提高生产率并提高生物制造的总体商业可行性。 （6）乔治亚州班布里奇的Danimer Scientific公司将利用ABF的学习工具和系统的生物学能力，生产具有不同链长的聚羟基链烷酸酯的可调组合，从而使新的生物可降解塑料具有新颖的性能。 （7）马萨诸塞州剑桥市的Invaio公司将开发一种高效的生物工艺，用于抗菌肽的工业生产，这将对农业产生革命性的影响，并增强ABF的核心能力。 （8）丹麦哥本哈根的Enduro Genetics公司将在工业宿主生物中使用其“产品成瘾”技术，以证明其能够不加区别地提高产品效价、速度和产量。 每位ABF定向资助获得者将被邀请与能源部国家实验室的研究机构合作开展相关研究。种子资助将为实验室提供高达50万美元的能源部资金，为期2年。全额资助最高可达200万美元，为期3年。国家实验室的这项资助旨在开发新型微生物宿主和生物产品，在合成生物学中使用尖端的人工智能和机器学习，并解决工业微生物学中生产异质性的问题。每位获奖者须承诺至少分担20％的经费。 孙裕彤 编译自https://agilebiofoundry.org/agile-biofoundry-selects-new-projects-to-accelerate-biomanufacturing/ 原文标题： Agile BioFoundry Selects New Projects to Accelerate Biomanufacturing
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  • 《合成生物学突破了细胞》
    • 来源专题：人类遗传资源和特殊生物资源流失
    • 编译者：yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间：2019-04-18
    • 细胞是自然界最伟大的工程技术之一。它们包含在我们身体整个生命周期的说明中。它们是地球上所有生命的重要组成部分。但他们也有其局限性。 细胞必须存活才能产生蛋白质，这是合成生物学研究的主要兴趣领域之一。这带来了许多挑战。实验室培养的蛋白质传统上是使用基于哺乳动物细胞，酵母和大肠杆菌的表达系统在体内产生的。该方法使用质粒表达所需的蛋白质。但转化的过程 - 将特定基因引入细胞以供质粒编码 - 非常耗时。即使在产生预期的蛋白质后，它们仍然可以被困在细胞中。必须裂解细胞，通常需要化学，酶促或机械过程，因此可以纯化蛋白质。总而言之，通过质粒进行蛋白质表达是非常费力的。此外，它不适合高通量蛋白质表达和筛选，这是任何生产平台满足现代合成生物学需求的重要组成部分。 然后，当然，细胞死亡的事实。实验室中的细胞需要在接近理想生活条件的情况下保持快乐。研究人员还必须确保不要指导会无意中杀死宿主大肠杆菌细胞的蛋白质表达。为了产生某些更有毒的蛋白质，必须添加整个前体相 - 耗费时间，金钱和不小的挫折感。有些项目根本不可能，因为没有办法规避蛋白质与前体相的毒性。 因此，与活细胞一样重要的是生命，它们的局限性造成了21世纪生物学进步的瓶颈。是不是更容易取消细胞的“活”部分并保持其余部分？ 打破细胞 无细胞蛋白质表达就是这样。该技术保留了细胞的组成机制，但却留下了细胞培养和保存的麻烦。这开辟了一个充满可能性的世界。现在，可以快速，一致且可靠地生成感兴趣的蛋白质。这些蛋白质的活力也可以以相同的快速速度进行测试。 西北大学Michael Jewett博士与SynBioBeta讨论了高产无细胞基因表达的进展。 “这些进步为通过遗传电路的模型驱动设计，快速便携的化合物传感和下一代教育工具包的新方法，深刻改变合成生物学提供了令人兴奋的机会。” Jewett博士还看到了“按需生物制造疫苗和治疗剂”的无细胞效益。这对于开发新的抗生素尤为重要，特别是随着全球抗生素耐药性的增加。 像Arbor Biosciences这样的公司可以轻松地让任何研究人员都能使用无细胞技术，这使他们成为研发和合成生物学市场的领导者。他们的无细胞蛋白质表达平台myTXTL®使用主混合物创造一个开放式反应环境，不受细胞壁或细胞膜的限制。主混合物包含大肠杆菌的所有代谢功能，包括转录（TX），翻译（TL）和蛋白质折叠机制，以及氨基酸和ATP再生系统。但事实上，它并不是一个活生生的有机体。掌握了混合物，“表达您感兴趣的蛋白质所需的一切都是DNA模板，质粒或线性DNA，管和移液管，”myTXTL产品开发科学家Evelyn Eggestein博士说。 “它易于访问和控制。” “用户友好”是合成生物学不断发展的关键因素。只有最专业的专家才能在该领域工作的日子正在迅速消失。致力于SynBioBeta的作家Ian Haydon将今天的合成生物学与50年前的计算技术进行了比较：仅限专家。但是，像myTXTL这样易于使用的平台是推进和简化生物技术的下一步。考虑到myTXTL平台还可以与线性DNA片段结合使用，尤其是IDT和Twist等几个提供者可以在不克隆到质粒载体的情况下筛选数百万个DNA样本，从而可以对其进行廉价和序列完善。这种类型的筛选可用于基础研究以及新型诊断工具。 多家公司以及Arbor Biosciences支持的几个iGEM团队正在开发基于家庭妊娠试验形状因子的纸质分析。这些类似卡片的测试包含干燥的主混合物，生物传感器和荧光报道分子。完成测试所需的全部是生物样本本身。这些易于携带的口袋大小的测试有可能迅速识别，帮助减缓甚至控制疾病爆发。它们还可以辅助现场诊断，特别是如果没有冷藏，或者用于筛选实验室覆盖率差的发展中地区的遗传条件。 基于纸张的形状因子的潜力不仅与地球有关。冷冻干燥的混合物可以带到火星上，用水润湿，然后vo！蛋白质生产进入火星。这种深远的思维方式与对合成生物学在太空中应用的日益认可相一致。与往常一样，合成生物学领域的人们正在展望未来。 无细胞技术的未来是什么样的？ 现在，Arbor Biosciences已成功开发出适合高通量筛选的平台，其营销总监Matthew Hymes设想开发具有扩展新功能和特性的无细胞系统。 “E.大肠杆菌只有这么多基本机器，“Hymes解释道。 “那么我们可以在无细胞系统中添加其他元素来驱动特定蛋白质折叠或添加翻译修饰吗？”答案是：是的，我们可以！传统（体内）蛋白质生产平台已经找到了如何生产通常不在细菌细胞质中折叠的蛋白质的解决方案，或者如何用小分子对蛋白质进行位点特异性标记以用于治疗和诊断用途。 “现在是时候将这些方法适应并整合到无细胞系统中，”Eggenstein博士说。 Jewett博士还强调，无细胞系统“是代谢工程进化的下一个阶段。”“[这些系统]为在活细胞和扩大规模实施之前调试和优化生物合成途径提供了令人兴奋的机会。”他们可以还可以执行“设计 - 构建 - 测试”迭代，而无需重新设计生物。当生物转化产率，生产力或细胞毒性限制商业可行性时，它们甚至可以“进行分子转化”。 Hymes承认无细胞技术目前尚未完全处理完整代谢工程的复杂性。但是，当他谈到无细胞代谢工程时，它的语气是“何时”，而不是“如果”。超出当前前沿的科学的确切性质是未知的。但可以肯定的是，未来正在突飞猛进。 Arbor Biosciences的团队已经准备好张开双臂。 ——文章发布于2019年4月5日
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