《AI深度进入基因领域,人类返老还童将成为可能?》

  • 来源专题:中国科学院文献情报制造与材料知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: 冯瑞华
  • 发布时间:2019-04-30
  • 人工智能已经深度进入基因和蛋白质领域,这既是医疗、药物和生命科学与AI联姻的一种突破,也意味着AI在维护人们健康、延长寿命和提高生命质量方面有了稳步进展。

    谷歌最新人工智能软件阿尔法折叠(Alpha Fold),在一项极其困难的任务中击败了所有对手,成功根据基因序列预测了生命基本分子——蛋白质的三维结构。

    这意味着,人工智能已经深度进入基因和蛋白质领域,这既是医疗、药物和生命科学与AI联姻的一种突破,也表明AI在维护人们健康、延长寿命和提高生命质量方面有了稳步进展。

    阿尔法折叠是被设计来解析蛋白质折叠的。生物体和人体拥有着各种各样的蛋白质,它们承担着身体各种复杂且重要的功能,从食物消化到免疫抗病,从感觉到运动功能等,都离不开蛋白质。

    一个简单的蛋白质往往包含了数百个氨基酸,其空间结构的可能性就高达10的300次方个。不只是蛋白质中氨基酸序列决定生命现象和疾病,而且蛋白质的空间结构同样决定生理功能和疾病,只要蛋白质的结构发生一点错误,就会诱发和导致各种疾病,如糖尿病、帕金森症和阿尔茨海默症等。

    也因此,解析蛋白质结构已成为基因测序后,诊断疾病、研发新药和深入理解生命现象的一把重要钥匙。阿尔法折叠通过人工智能算法,在去年底的一项有98名参赛者参加的解析蛋白质结构的竞赛中赢得第一名,获得了43种蛋白中的25种蛋白结构的最高分,排名第二的队伍只有其中3个获得了预测最高分。

    这说明,阿尔法折叠在解析和预测蛋白质结构上比较准确。这也昭示着,对疾病的诊断和研发新药有了新的利器。

    以阿尔法折叠为代表的AI不只是可以既快又准确地分析已知的一些蛋白质的三维结构,还能预测和发现人们尚未知晓的蛋白质结构。

    不过,阿尔法折叠的最大进步是通过算法来找到蛋白质的三维形状。一段基因序列(DNA片段)只构成了氨基酸按一定序列排成的长链,仅仅靠基因测序是无法获知蛋白质结构的,这就需要阿尔法折叠以算法来确认蛋白质的三维结构。

    从理论上分析,能够分析和预测蛋白质的形状和结构,就能够更好地确定其他分子与蛋白质结合的方式,也就可能研发新的药物,因为药物是在人体内与特殊的蛋白质结合并改变蛋白质的活动方式而发挥药效的。从这个意义上来看,阿尔法折叠能解析蛋白质折叠问题,也仅仅是一个新的开端,要研发出新药或产生新的治疗疾病的方式,还有很长的路要走。

    当然,阿尔法折叠和其他AI技术都主要是通过算法来理解疾病和改进药物治疗的效果,预测和分析蛋白质折叠尚不能解决蛋白质折叠问题。因此,现阶段比阿尔法折叠走得更远和应用得更成熟的是让AI软件诊断疾病,如癌症。

    当阿尔法折叠和其他AI技术能诊断疾病,确定病因时,就可以既采用新的疗法,如基因疗法,修改和删除致病基因,进而让返老还童成为可能,又有可能研发出针对蛋白质三维结构的新药来治疗疾病。现在,人工智能介入医学和生命科学才只是开始。

  • 原文来源:http://www.stdaily.com/index/kejixinwen/2019-04/30/content_763579.shtml
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    • CB Insights日前评选出了2020年将改变世界“游戏规则”的36家科技创业公司,涉及12大领域:光芯片、量子加密、AI透明度、CRISPR 2.0、基于AI的蛋白质预测、电子脉冲治疗、微生物医疗、改变精神的药物、DNA数据集市、二氧化碳捕捉、下一代核技术、可持续物流。 根据CB Insights的统计,这36家“游戏规则改变者”中有23家位于美国或已经迁至美国,其余的则位于其它五个国家:加拿大、以色列、瑞典、新加坡和英国。而这36家科创公司总共有超过200家投资机构或投资者,排在榜首的是Khosla Ventures和Lux Capital,其中Khosla Ventures由Sun微系统公司的联合创始人之一Vinod Khosla创办、Lux Capital是由多位联合创始人组成的风险投资机构,这两家投资机构每个都投资了4家“游戏规则改变者”,另有20多家投资机构“押注”了多个“游戏规则改变者”。 以下是12大领域、36家“游戏规则改变者”的介绍: 一、光芯片 这一领域主要关注下一代速度更快、处理能力更高的芯片,通过使用更高带宽的光子而非电子,能够以前所未有的速度、更高效处理人工智能AI计算。CB Insights认为,对比未来的光子CPU与今天的电子CPU:使用光子处理计算的速度是电子的1000余倍,而电子的计算速度则是有限的;光子的规模化扩展成本为固定的,而电子计算的规模化扩展成本高昂;光子计算可以同时处理多个运算,而电子计算只能一次处理一个运算。 是的,人工智能时代,计算已经到了一个拐点。CB Insights选出了三家光芯片领域的创业公司:Ayar Labs、Lightmatter和Luminous Computing。Ayar Labs位于美国加利福尼亚,到目前为止披露的融资总额为2950万美元,主要致力于用光连接来推进摩尔定律的下一个阶段,具体是通过使用光通信来解决集成电路芯片内数据移动的I/O和能耗瓶颈,在提高1000余倍集成电路芯片内数据通信的同时,降低了10余倍能耗,该技术一旦成功商业化,将颠覆当前的半导体和计算产业。 Lightmatter位于美国的马塞诸塞、迄今披露的融资总额为3320万美元,该公司主要为人工智能计算制造独特的芯片,其架构利用光子、电子和新的算法,专门实现人工智能计算的快速推理和训练引擎。Lightmatter在传统的计算机芯片制造中,在晶体管的边上放置了可编程光元器件阵列,可以加速深度神经网络中的关键运算速度。 Luminous Computing位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为900万美元,该公司致力于将今天最大规模的超级计算机缩小到一个芯片上以处理人工智能AI计算任务,主要使用光子来处理传统处理器的所有瓶颈。 二、量子加密 随着量子计算的兴起,也为密码学带来了挑战。今天所使用的密码学都是建立在数学问题的基础上,而这些数学问题都将在量子计算面前被破解。那么,把量子计算与密码学结合,就成为了解决量子加密的主要途径之一。 Crypto Quantique的总部位于英国、迄今披露的融资总额为800万美元,该公司将量子计算与现代密码学相结合,以硬件和软件的形成,开发量子网络安全产品,特别是针对IoT物联网安全。Crypto Quantique的技术主要为量子计算驱动的安全芯片,可产生多个独特的无法预测的密码钥匙,这些密码钥匙无需存储、可被多个应用按需独立使用。 ISARA的总部位于加拿大安大略省、迄今披露的融资总额为2690万美元,该公司致力于计算生态创建量子级安全的安全解决方案。ISARA的解决方案包括:ISARA Radiate Quantum-safe Toolkit,主要提供生产级完备、易于安装的量子安全算法,以实现量子安全的安全解决方案,还为开发者提供了集成工具;ISARA CATALYST敏捷系列则帮助用户向量子安全迁移。 SpeQtral的总部位于新加坡、迄今披露的融资总额为190万美元,该公司主要开发空间量子通信,使用卫星通信交付量子加密层以帮助建立安全的通信。SpeQtral技术的主要目标是基于现有通信网络渠道提供信息的安全流通,未来还可进一步成为量子互联网的主干网络。SpeQtral的愿景是为了量子变革而转型今天的世界网络。 三、AI透明度 自从AI人工智能在全球大热后,各国就在谈论如何增强AI算法的透明度,以建立人们对人工智能的信任和信心。AI透明技术,也称为可解释性AI,主要是从AI算法的输出反向追踪,以让人们可以理解AI算法内部究竟发生了什么。随着AI越来越多地用于跨行业决策,了解AI算法如何以及为什么做出其决策,可以缓解当今大多数AI系统内在的偏见。 DarwinAI的总部位于加拿大安大略、迄今披露的融资总额为300万美元,该公司希望用AI来理解深度神经网络算法,然后再产生一系列新的、高度优化的针对特定需求和需要的神经网络。DarwinAI的平台让开发者可以不必花费数周或数月的时间去理解深度神经网络模型,而是由平台基于用户定义需求在数天内产生优化的更小、更简洁的模型,例如在不牺牲功能性准确性的前提下更快的推理等,DarwinAI入选了2019年Gartner的Cool Vendors in Enterprise AI Governance and Ethical Response。 Fiddler Labs的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为1320万美元,该公司构建可解释AI引擎以帮助企业大规模地分析、管理和部署机器学习模型。Fiddler Labs也入选了2019年Gartner的Cool Vendors in Enterprise AI Governance and Ethical Response,其解决方案包括理解AI预测、分析AI行为、确认AI合规性、监测AI性能等四类。 Kyndi的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为3160万美元,该公司同样入选了2019年Gartner的Cool Vendors in Enterprise AI Governance and Ethical Response。Kyndi的专利AI技术和AI平台,目前为政府、金融和医药行业提供可解释、可审计的AI解决方案,其AI解决方案主要有医药风险及质量评估、智能流程自动化以及风险评估等。 四、基因编辑新纪元 今天已经是新的基因编辑CRISPR 2.0时代了,我们能够以前所未有的方式,在巨大的全新维度范围内操控基因组,而这在之前是完全不可能的,这也为解决以往无法治愈的毁灭性疾病的整个领域打开了大门。 Korro Bio的总部位于美国马萨诸塞、迄今披露的融资总额为400万美元,Korro Bio正使用基于核酸的疗法来锁定遗传密码中的序列,该公司的愿景是未来的基因医药——将自然RNA编辑转换为病患的新可能。Locana的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为5500万美元,这是一家以RNA为目标的基因治疗公司,旨在开发与RNA相关的疾病治疗。Shape Therapeutics的总部位于美国华盛顿、迄今披露的融资总额为3550万美元,该公司创建了RNA和蛋白质靶向平台,可以直接在生物体内修饰RNA。 五、基于AI的蛋白质预测 人工智能和计算技术的进步正在加强蛋白质的研究和设计,而基于AI的蛋白质预测可以重塑基因组学。了解蛋白质是如何折叠的,这是一个长期存在的基本科学问题,这可能成为解开一系列疾病新疗法的关键,从阿尔茨海默氏症和帕金森症到囊性纤维化和亨廷顿氏症,错误折叠的蛋白质被认为在这些疾病中起了作用。AI可以帮助预测蛋白质结构并克服“蛋白质折叠问题”,也可以克服预测蛋白质复杂3D结构的挑战,从而使科学家更好地了解蛋白质在体内的作用、更有效地诊断和治疗蛋白质错误折叠引起的疾病。 LabGenius的总部位于英国英格兰、迄今披露的融资总额为1370万美元,这是一家结合了AI、机器人自动化以及合成生物技术以开发下一代蛋白质医疗的全栈蛋白质工程公司。ProteinQure的总部位于加拿大安大略、迄今披露的融资总额为400万美元,结合了分子模拟、机器学习和量子计算,这家公司的软件平台可用于计算蛋白质发现,从而协助基于结构的药物设计。Relay Therapeutics的总部位于美国马塞诸塞、迄今披露的融资总额为5.2亿美元,该公司正在寻求分析蛋白质的运动,以开发新的干预方法。 六、电子脉冲治疗 有没有想过,未来的慢性病治疗可能不需要任何药物。换句话说,就是用电子脉冲取代化学药物治疗疾病。电子脉冲治疗相信用电子脉冲刺激相关的神经,可以治疗特定疾病和症状而无需服用化学药物。电子药物是一种以神经回路为目标的装置,可以调节人体的器官和功能,而无需化学药物或其它药物。这些设备瞄准受影响的人体区域,精确度更高、副作用更少,可以治病包括炎症、自身免疫性疾病和偏头痛在内的多种疾病,例如用电子设备刺激人体的迷走神经就可以减少体内炎症。 Cala Health的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为8000万美元,这家生物电子医学公司致力于开发可穿戴的神经调节治疗方法,以提供个性化的周围神经刺激。SetPoint Medical的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为9330万美元,这家医疗公司正在开发生物电子植入物,通过电流调制迷走神经来治疗自身免疫性疾病,如克罗恩病和风湿性关节炎。Theranica的总部位于以色列、迄今披露的融资总额为4100万美元,这家医疗设备公司致力于结合高级神经调节疗法与无线技术,以解决偏头痛等医疗状况。 七、掌握人体微生物 理解生活于人体内的细菌,有助于治疗和发现疾病,例如肠道微生物就可以提供有力的洞察。人类肠道细菌可以提供关于人类整体健康的有价值的信息,因为人类微生物群与许多健康状况有关。以微生物群为目标的公司正在寻求重塑我们治疗癌症、阿尔茨海默病和帕金森病等神经疾病以及2型糖尿病等代谢疾病的方式。 Kallyope的总部位于美国纽约、迄今披露的融资总额为1.31亿美元,这家平台型生物技术公司致力于利用肠-脑轴的治疗性和营养潜力。Pendulum Therapeutics的总部位于美国纽约、迄今披露的融资总额为4550万美元,这家公司正在开发针对特定健康状况的医用益生菌。Viome的总部位于美国新墨西哥、迄今披露的融资总额为4550万美元,这家公司旨在综合血液、尿液、唾液和粪便样本的读数,提供个性化的营养建议,从而改善健康状况。 八、DNA数据集市 DNA数据集市旨在实现安全的遗传数据交换,以奖励消费者以及丰富医学研究。新的数据平台可以确保基因数据的安全交换,从而加速医学研究,并对个体贡献者进行补偿。当前的医学研究越来越依赖于DNA数据,患者应有权自行决定是否要共享以及与谁共享其医疗数据。赋予人们调整其医疗信息“命运”的努力,是朝着正确方向迈出的一步。 LunaPBC的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为860万美元,该公司开发了一个平台,可以让用户贡献自己的基因数据从而置换公司股份。Nebula Genomics的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为490万美元,该公司利用区块链技术消除了中间代理机构,从而让消费者更好的拥有自己的基因组数据。Sano Genetics的总部位于英国英格兰、迄今披露的融资总额为70万美元,该公司正在开发一个平台,使得研究员可以访问遗传数据集,从而加快对常见和罕见医学疾病的治疗。 九、捕捉碳 大气中的二氧化碳含量已经达到了惊人的程度。2019年5月,根据美国国家海洋和大气管理局的传感器监测数据,当时大气中的二氧化碳已经超过415ppm,创造了有史以来的最高纪录。气象学家在《科学》杂志上撰文指出,这已经达到了300万年前的水平,而200万年前才刚出现了直立行走的人类。温室气体已经导致剧烈的大气波动,带来更加频繁的极端天气。 Carbon Engineering的总部位于加拿大不列颠哥伦比亚、迄今披露的融资总额为1.018亿美元,该公司正将直接从大气捕获二氧化碳的技术商业化。Kiverdi的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为70万美元,该公司使用生物反应器将二氧化碳转化为蛋白质、高价值的油、营养物质和可用于消费及工业应用的生物制品。Opus 12的总部位于美国加利福尼亚、迄今披露的融资总额为120万美元,该公司收集二氧化碳,利用水和电对其循环利用,制成具有成本竞争力的化学器和燃料。 十、下一代核能 核能提供了一个可靠地生产低碳能源的途径,下一代核能解决方案可致零排放的核能生产。用于下一代核能的技术包括:熔融盐反应器,依靠液体燃料而不是传统核反应堆中使用的固体燃料棒,使用液体既安全又简单;小型模块化反应堆,是核裂变反应堆,不到传统反应堆的一半,由于体积小而可以位于大型核厂无法使用的地理位置并需要较少的资本投资,可以更轻松地根据需求进行制造和定制;聚变,核聚变通过轻质氢核的融合产生能量,该方法是传统核裂变的一种有前途的替代方法,因为传统核裂变依靠重放射性核的变质,而该方法提供了更安全的过程,也可以更高效地发电。 Commonwealth Fusion Systems的总部位于美国马塞诸塞、迄今披露的融资总额为1.65亿美元,该公司致力于聚变核能的商业化,正在开发高温超导磁体,以建造小型、低成本的聚变电站。NuScale Power的总部位于美国俄勒冈、迄今披露的融资总额为270万美元,该公司创造了一种新型的核裂变工厂——一种更小、可扩展的压水堆反应器技术,并且设计有内置的安全特性。Terrestrial 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