《SARS-CoV-2基于扩增子的MinION测序及COVID-19患者鼻咽拭子的宏基因组分析》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-03-17
  • 英国、中国、沙特等国的研究人员在medRxiv预印版平台发表论文“Amplicon based MinION sequencing of SARS-CoV-2 and metagenomic characterisation of nasopharyngeal swabs from patients with COVID-19”。文章指出COVID-19是一种复杂的疾病表型,其中潜在的微生物群可能会影响发病率和死亡率。研究人员基于扩增子和宏基因组学的MinION测序用于快速(在8小时内)鉴定SARS-CoV-2并评估了国际严重急性呼吸道和新兴感染协会(ISARIC) 4C联盟从COVID-19患者获得的鼻咽拭子中的微生物群。
    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

  • 原文来源:https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.05.20032011v1
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    • 编译者:xuwenwhlib
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    • 3月8日_SARS-CoV-2基于扩增子的MinION测序及COVID-19患者鼻咽拭子的宏基因组分析 1.时间:2020年3月8日 2.机构或团队:英国利物浦大学、英国公共卫生部、西北农林科技大学、英国利物浦大学医院NHS基金会信托基金、英国爱丁堡大学、英国牛津大学纳菲尔德医学院、英国布里斯托尔大学、伊拉克库尔德斯坦地区Sulaimany兽医局、沙特法赫德国王医疗城研究中心、澳大利亚彼得多尔蒂感染与免疫研究所、新加坡科技研究局新加坡免疫学信息网、英国帝国理工学院、英国爱丁堡大学罗斯林研究所 3.事件概要: 英国、中国、沙特等国的研究人员在medRxiv预印版平台发表论文“Amplicon based MinION sequencing of SARS-CoV-2 and metagenomic characterisation of nasopharyngeal swabs from patients with COVID-19”。文章指出COVID-19是一种复杂的疾病表型,其中潜在的微生物群可能会影响发病率和死亡率。研究人员基于扩增子和宏基因组学的MinION测序用于快速(在8小时内)鉴定SARS-CoV-2并评估了国际严重急性呼吸道和新兴感染协会(ISARIC) 4C联盟从COVID-19患者获得的鼻咽拭子中的微生物群。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件: 原文链接:https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.05.20032011v1
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    • 编译者:张玢
    • 发布时间:2024-03-15
    • 自从抗击COVID-19开始以来,人们就观察到了SARS-CoV-2的演变,一些突变可能是病毒潜在危险变种的标志。然而,SARS-CoV-2的遗传变体与COVID-19的严重程度之间并没有明确的联系。我们的目的是分析RdRp的遗传变异性与COVID-19不同病程之间的相关性。 这项前瞻性研究包括了77个从门诊患者(一级严重程度)和住院患者(二级、三级和四级严重程度)中分离出的SARS-CoV-2样本。回顾性分析包括在GISAID数据库中存储的15,898,266例SARS-CoV-2基因组序列。基于SARS-CoV-2的四个测序扩增论文,确定了单核苷酸变体。使用合适的统计方法对结果进行了分析,p值小于0.05被认为具有统计学意义。此外,还进行了逻辑回归分析,以预测观察到的关系中最强的决定因素。突变数量与COVID-19的严重程度呈正相关,以及在年长的男性患者中。我们检测到四个显著增加COVID-19患者住院风险的突变(14676C>T, 14697C>T, 15096T>C, 和15279C>T),而在门诊患者中分离出的菌株中常见的是15240C>T突变。在GISAID数据库中全球搜索所选突变,其存在与COVID-19的严重程度相关。 已识别的突变有潜力用于评估COVID-19阳性患者住院风险的增加。需要开展实验研究和广泛的流行病学数据调查,以研究单个突变与COVID-19严重程度之间的关联。