在生命科学领域，亲本效应(Parent-of-origin effects, POE)始终是困扰研究人员的遗传学谜题。这种基因表达"偏袒"现象——某些基因只表达来自父亲或母亲的拷贝，不仅影响胚胎发育和疾病发生，更是畜禽杂交优势育种的关键。然而传统研究面临三大瓶颈：缺乏明确家系信息难以追溯亲本来源、杂合位点覆盖不足导致分型困难、以及单组学数据难以揭示复杂调控网络。江西农业大学的研究团队创新性地设计了三组欧亚杂交猪家系（大白猪×二花脸、杜洛克×两广小耳花、巴克夏×赣西两头乌），通过整合PacBio长读长测序与七种组学技术（WGS、RNA-seq、GM-seq、CUT&Tag、Hi-C等），构建了迄今最完整的猪等位基因调控图谱。研究团队开发了相位标记(phase-tag)分型策略，将分型错误率控制在0.1-0.25%，显著优于传统三重分型法。本研究针对亲本效应(POE)调控机制这一遗传学难题，通过构建欧亚杂交猪模型，整合长读长测序与多组学技术，系统解析了DNA甲基化、组蛋白修饰和三维基因组结构对基因印记的协同调控。
